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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 136
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● JCMで実施されている遺伝子検査
● 第98回日本細菌学会総会ブース出展のお知らせ
● BRC公式Bluesky（SNS）を開設しました
● 新規公開微生物株（2025年3月-4月公開）
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┃ JCMで実施されている遺伝子検査
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いつも微生物材料開発室（JCM）をご利用いただき、誠にありがとうございま
す。今回は、JCMで実施している微生物株の遺伝子検査についてご紹介します。
□ 遺伝子検査の目的と役割
JCMでは、寄託・提供されるすべての微生物株について、遺伝子検査を通じた
株の同定と品質管理を徹底しています。主に以下のタイミングで検査を実施
しています。
• 受入時検査：寄託者より提示された配列データと照合し、株の同一性を確認。
アーキア株に対しては、細菌混入の有無も確認
• 保存標品作製時検査：生残性やコンタミネーションの確認に加え、遺伝子検
査を実施
• 提供前検査：過去に収集した株で受入時検査および保存標品作製時検査を実
施していない株について、 生残性とコンタミネーションの有無に加えて、
学名の確かさを確認
□ 検査手順の概要
JCMでの遺伝子検査は、以下の流れで行われます。
詳細は、https://jcm.brc.riken.jp/ja/quality_control に公開しています。
１．菌体破砕液の調製
ガラスビーズを用いて菌体を破砕し、DNAを抽出
２．PCR解析
16S rRNA（細菌・アーキア）やITS領域（真菌）をターゲットに遺伝子領域
を増幅。PCRプライマーは、27F/1492R（細菌）、A21F/A1100R（アーキア）、
ITS5/NL4（真菌）を主に使用
３．シークエンス解析
得られた配列を寄託時のデータやBLAST解析結果と比較し、株の同一性や混
入の有無を目視で確認。提供前検査では全長配列を確認
さらに、培養条件やPCR条件の最適化、プライマーの組み合わせ調整など、検
体の状態に応じた柔軟な対応を行っています。
□ 年間数千検体に及ぶ解析実績
JCMでは毎年4,000件以上の遺伝子解析を実施しており、提供株の品質が確実に
なるように努めています。
□ 質量分析による迅速な同定も実施中
近年では、MALDI-TOF MS質量分析法を用いた微生物株の同一性確認も導入して
います。この質量分析法により、培養後の菌体からタンパク質プロファイルを
取得し、データベースと照合することで、迅速かつ高精度に種レベルの同定が
可能となります。遺伝子解析との併用により、より多角的な品質保証の実現を
めざしています。照合のために、広範な微生物株を対象としたレファレンスラ
イブラリーを構築して公開しています。
https://www.jcm.riken.jp/NBRP_MALDI-TOF_MS/nbrp_maldi_tof_ms_ref_lib_j.html
□ ご利用研究者の皆さまへ
JCMで取り扱う微生物株の純粋性や塩基配列の同一性は、研究の再現性や信頼
性に直結します。今後も、JCMでは厳格かつ柔軟な品質管理を通じて、皆さま
の研究活動を支えてまいります。
ご不明な点がございましたら、どうぞお気軽にお問い合わせください。
清水 美智留 遺伝子解析（品質管理）担当
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┃ 第98回日本細菌学会総会ブース出展のお知らせ
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第98回日本細菌学会総会において学会ブースに出展いたします。
どうぞブースにお立ち寄り下さいますようご案内いたします。
第98回日本細菌学会総会
展示会期 2025年5月29日（木）-5月31日（土）
展示会場 石川県立音楽堂（金沢市）
（〒920-0856 石川県金沢市昭和町20番1号）
大会ホームページ：https://aeplan.jp/jsb2025/
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┃ BRC公式Bluesky（SNS）を開設しました
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分散型SNSとして活用が広まっているBlueskyに、BRC公式アカウントを開設い
たしました。
バイオリソースに関連する情報や最新のお知らせを発信してまいります。
ぜひフォローをお願いいたします。
@riken-brc-jp.bsky.social
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┃ 新規公開微生物株（2025年3月-4月公開）
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細菌
Acidisoma cladoniae JCM 35634 Type strain
"Actinomyces ruminis" JCM 32641 Proposed type strain
Aliiroseovarius conchicola JCM 37203 Type strain
"Alkalimonas cellulosilytica" JCM 35955 Proposed type strain
"Alkalimonas mucilaginosa" JCM 35954 Proposed type strain
Antrihabitans spumae JCM 33914
Antrihabitans spumae JCM 34493 Type strain
"Aquirufa avitistagni" JCM 37100 Proposed type strain
"Aquirufa echingensis" JCM 37096 Proposed type strain
"Aquirufa esocilacus" JCM 37094 Proposed type strain
"Aquirufa novilacunae" JCM 37098
"Aquirufa novilacunae" JCM 37099 Proposed type strain
"Aquirufa originis" JCM 37095 Proposed type strain
"Aquirufa salirivi" JCM 37097 Proposed type strain
Azotosporobacter soli JCM 35641 Type strain
Bacillus bruguierae JCM 35615 Type strain
Bacillus kandeliae JCM 35619 Type strain
Bacillus yunxiaonensis JCM 35616 Type strain
Christiangramia sediminicola JCM 36336 Type strain
"Chromobacterium indicum" JCM 36723 Proposed type strain
"Chryseobacterium gotjawalense" JCM 35602 Proposed type strain
"Chryseobacterium urinae" JCM 36476 Proposed type strain
"Ciceribacter sichuanensis" JCM 35649 Proposed type strain
"Comamonas squillarum" JCM 35896 Proposed type strain
Crassaminicella thermophila JCM 34213 Type strain
Curvibacter soli JCM 36178 Type strain
"Cytobacillus mangrovibacter" JCM 35618 Proposed type strain
"Cytobacillus spartinae" JCM 35621 Proposed type strain
"Deferrivibrio metallireducens" JCM 39088 Proposed type strain
Desulfosoma caldarium JCM 15554 Type strain
"Enterococcus hailinensis" JCM 37000 Proposed type strain
"Erwinia aeris" JCM 37069 Proposed type strain
Extensimonas soli JCM 36176 Type strain
"Fictibacillus fluitans" JCM 36474 Proposed type strain
Fulvimarina uroteuthidis JCM 36703 Type strain
Galbitalea sp. JCM 36272
"Halobacillus rhizosphaerae" JCM 36534 Proposed type strain
Hohaiivirga grylli JCM 34655 Type strain
Isachenkonia alkalipeptolytica JCM 32929 Type strain
"Isoalcanivorax beigongshangi" JCM 35319 Proposed type strain
"Jannaschia ovalis" JCM 36187 Proposed type strain
Kitasatospora camelliae JCM 37022 Type strain
"Kluyvera chilikensis" JCM 35578
"Kluyvera excreta" JCM 35577
"Leclercia barmai" JCM 36544 Proposed type strain
"Leeuwenhoekiella obamensis" JCM 36940 Proposed type strain
"Leptotrichia alba" JCM 36662 Proposed type strain
"Leptotrichia mesophila" JCM 36567 Proposed type strain
"Leptotrichia rugosa" JCM 36566 Proposed type strain
"Leuconostoc aquikimchii" JCM 37028 Proposed type strain
Limosilactobacillus kribbianus JCM 35701 Type strain
"Lipingzhangella rawalii" JCM 32979 Proposed type strain
"Lysobacter arvi" JCM 32757 Proposed type strain
"Mangrovibrevibacter kandeliae" JCM 34923 Proposed type strain
Marinicellulosiphila megalodicopiae JCM 31119 Type strain
"Marinospirillum alkalitolerans" JCM 35956
"Marinospirillum alkalitolerans" JCM 35957 Proposed type strain
Marivivens marinum JCM 36630 Type strain
"Massilia phyllosphaerae" JCM 36643 Proposed type strain
"Massilia phyllostachyos" JCM 35225 Proposed type strain
"Meridianimarinicoccus marinus" JCM 37289 Proposed type strain
Metabacillus rhizosphaerae JCM 35614 Type strain
Metabacillus sediminis JCM 35620 Type strain
"Microbacterium alkaliflavum" JCM 36707 Proposed type strain
Microbacterium candidum JCM 36480 Type strain
Microbacterium capsulatum JCM 36481 Type strain
"Mycobacterium crassicus" JCM 35365 Proposed type strain
"Mycobacterium nativiensis" JCM 35368 Proposed type strain
"Mycobacterium vasticus" JCM 35364 Proposed type strain
"Mycobacterium zoologicum" JCM 35366 Proposed type strain
"Mycobacterium zoologicum" JCM 35367
Nocardia arseniciresistens JCM 35916 Type strain
Nocardioides eburneus JCM 37205 Type strain
"Oceanimonas pelagia" JCM 36023 Proposed type strain
"Oerskovia flava" JCM 35248 Proposed type strain
"Ornithinibacillus xuwenensis" JCM 36753 Proposed type strain
Oryzomonas rubra JCM 33033 Type strain
Paenibacillus campi JCM 36670 Type strain
Paenibacillus campi JCM 36671
"Paracoccus aurantius" JCM 36634 Proposed type strain
"Planococcus beigongshangi" JCM 33964 Proposed type strain
"Planomicrobium beijingensis" JCM 34410 Proposed type strain
Pseudarthrobacter naphthalenicus JCM 36482 Type strain
"Pseudidiomarina fusca" JCM 35760 Proposed type strain
Pseudomonas fjordensis JCM 36636 Type strain
Pseudomonas huanghezhanensis JCM 36635 Type strain
"Pseudomonas wuhanensis" JCM 35688 Proposed type strain
Psychrobacillus mangrovi JCM 35478 Type strain
Psychrobacter saeujeotis JCM 37231 Type strain
Qipengyuania profunda JCM 36585 Type strain
Qipengyuania profunda JCM 36586
"Rheinheimera metallidurans" JCM 35551
Rhodococcus sacchari JCM 35797 Type strain
"Rhodoligotrophos ferricapiens" JCM 36057 Proposed type strain
Roseovarius conchicola JCM 37202 Type strain
Roseovarius phycicola JCM 36647 Type strain
Roseovarius rhodophyticola JCM 36651 Type strain
"Salinicoccus bachuensis" JCM 37304 Proposed type strain
"Saxibacter everestensis" JCM 35335 Proposed type strain
Scrofimicrobium appendicitidis JCM 36615 Type strain
"Sphingomonas fuzhouensis" JCM 36769 Proposed type strain
Sphingopyxis kveilinensis JCM 36394 Type strain
"Streptococcus dentalis" JCM 36526 Proposed type strain
"Streptococcus gingivalis" JCM 36527 Proposed type strain
"Streptococcus lingualis" JCM 36528 Proposed type strain
"Streptococcus zhangguiae" JCM 34273 Proposed type strain
"Streptomyces adonidis" JCM 36414 Proposed type strain
"Streptomyces albidocamelliae" JCM 35920 Proposed type strain
Streptomyces antnestii JCM 34633 Type strain
"Streptomyces chengbuensis" JCM 36277 Proposed type strain
Streptomyces solicamelliae JCM 37293 Type strain
Streptomyces solicathayae JCM 36737 Type strain
"Streptomyces tabacisoli" JCM 37027 Proposed type strain
Sulfitobacter sediminis JCM 37145 Type strain
Terripilifer ovatus JCM 36465 Type strain
Thalassobellus suaedae JCM 36598 Type strain
Thalassobellus suaedae JCM 36599
Thalassotalea fonticola JCM 34824 Type strain
"Thiohalorhabdus methylotropha" JCM 35977 Proposed type strain
Ureaplasma ceti JCM 39153 Type strain
Ureaplasma ceti JCM 39155
Ureaplasma ceti JCM 39156
"Ureibacillus aquaedulcis" JCM 36475 Proposed type strain
"Veillonella orientalis" JCM 33967 Proposed type strain
アーキア
"Halobellus marinus" JCM 34310 Proposed type strain
"Halobellus ordinarius" JCM 34311 Proposed type strain
"Haloferax marisrubri" JCM 19566 Proposed type strain
"Haloferax profundi" JCM 19567 Proposed type strain
Haloplanus halobius JCM 34152 Type strain
Haloplanus halophilus JCM 34313 Type strain
Haloplanus pelagicus JCM 34151 Type strain
Haloplanus salilacus JCM 34153 Type strain
"Halorarum halobium" JCM 34145 Proposed type strain
"Salinibaculum marinum" JCM 36494 Proposed type strain
"Salinibaculum rarum" JCM 35607 Proposed type strain
"Salinibaculum salinum" JCM 36493 Proposed type strain
Salinirarus marinus JCM 34314 Type strain
"Salinirubellus litoreus" JCM 36495 Proposed type strain
真菌
Favolaschia nipponica JCM 32409
Favolaschia nipponica JCM 32410
Favolaschia nipponica JCM 33340
Favolaschia nipponica JCM 33341
Favolaschia nipponica JCM 39104
Favolaschia nipponica JCM 39105
Favolaschia nipponica JCM 39106
Favolaschia nipponica JCM 39267
Geotrichum hubeiense JCM 36896 Type strain
Geotrichum hubeiense JCM 36897
Hanseniaspora drosophilae JCM 36741 Type strain
Hanseniaspora drosophilae JCM 36742
Hanseniaspora drosophilae JCM 36748
Kobayasiyomyces mycetophilus JCM 32407
Kobayasiyomyces mycetophilus JCM 32408
Kobayasiyomyces mycetophilus JCM 39102 ex-epitype strain
Kobayasiyomyces mycetophilus JCM 39103
Kobayasiyomyces mycetophilus JCM 39266
Kodamaea hongheensis JCM 35737 Type strain
Magnusiomyces pitmudophilus JCM 36982 Type strain
Magnusiomyces pitmudophilus JCM 36984
Magnusiomyces pitmudophilus JCM 37668
Malassezia polysorbatinonusa JCM 39527 Type strain
Meira marina JCM 37743 Type strain
Pichia kregeriana JCM 36906 Type strain
Pichia phaffii JCM 37800 Type strain
Pichia ureolytica JCM 36370 Type strain
Pichia wuzhishanensis JCM 36905 Type strain
Saccharomyces cerevisiae JCM 37217
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
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2025年05月14日
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