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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 137
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● リソース紹介「高次分類群の正名承認に寄与した原核生物株」
● JCM株一覧表への分離源カテゴリーの追加
● 8/26 TRIP Summer Event 2025 のお知らせ
● BRC公式Bluesky（SNS）を開設しました
● 新規公開微生物株（2025年5月-6月公開）
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┃ リソース紹介「高次分類群の正名承認に寄与した原核生物株」
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現在、国際原核生物命名規約では、高次分類群として「門 (phylum)」、
「界 (kingdom)」、さらには「ドメイン (domain)」までが正式に採用されて
います。ドメインは細菌 (Bacteria) とアーキア (Archaea)の２つ、その一つ
下位の界においては、細菌ドメインで４つ、アーキアドメインで４つがそれぞ
れ正式に承認されています。アーキアドメインの４界のうちの１つが
Nanobdellati界であり、この分類名の由来となったNanobdella aerobiophila
MJ1T (=JCM 33616T) を以前当室の研究グループが報告しました。2024年には、
Promethearchaeum syntrophicum MK-D1T (=JCM 39240T)の属名に基づいて、
Promethearchaeati界が承認されました。一方で、細菌ドメインにおいては、
CPR（Candidate phyla radiation）群と呼ばれていたMinisyncoccota門や、
'Marine Group A'もしくはSAR406群と呼ばれていたFidelibacterota門など、
新門の提唱および承認が相次いでいます。それぞれの門名は、
Minisyncoccus archaeiphilus PMX.108T (=JCM 39522T)およびFidelibacter
multiformis IA91T (=JCM 39387T)の属名に基づいて名付けられました。上記
の種はそれぞれ、特定の宿主の細胞外に付着する絶対共生性であったり、触手
のような突起構造を形成したり、他者の特定細胞成分を利用しないと生育でき
なかったりと、いずれも培養しないと明らかにできなかった特徴を有しており、
分類学としてだけでなく、生理・生態・進化を含めて微生物学全般において重
要な知見を与えてきました。現時点では、上記のMK-D1T株とPMX.108T株は、数
ある国際カルチャーコレクションの中でもJCMからのみ公開されています。JCM
では、上記の株の他にも、系統学的にも生理機能的にも多様な菌株を公開して
おり、生きた「モノ」として提供可能です。
参考文献：
Kato et al. 2022. Nanobdella aerobiophila gen. nov., sp. nov., a
thermoacidophilic, obligate ectosymbiotic archaeon, and proposal of
Nanobdellaceae fam. nov., Nanobdellales ord. nov. and Nanobdellia
class. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 72: 005489.
DOI: 10.1099/ijsem.0.005489
Imachi et al. 2024. Promethearchaeum syntrophicum gen. nov., sp. nov.,
an anaerobic, obligately syntrophic archaeon, the first isolate of the
lineage 'Asgard' archaea, and proposal of the new archaeal phylum
Promethearchaeota phyl. nov. and kingdom Promethearchaeati regn. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 74: 006435.
DOI: 10.1099/ijsem.0.006435
Katayama et al. 2024. Fidelibacter multiformis gen. nov., sp. nov.,
isolated from a deep subsurface aquifer and proposal of
Fidelibacterota phyl. nov., formerly called Marine Group A, SAR406 or
Candidatus Marinimicrobia
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 74: 006558.
DOI: 10.1099/ijsem.0.006558
Nakajima et al. 2025. Minisyncoccus archaeiphilus gen. nov., sp. nov.,
a mesophilic, obligate parasitic bacterium and proposal of
Minisyncoccaceae fam. nov., Minisyncoccales ord. nov., Minisyncoccia
class. nov. and Minisyncoccota phyl. nov. formerly referred to as
Candidatus Patescibacteria or candidate phyla radiation
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 75: 006668.
DOI: 10.1099/ijsem.0.006668
加藤真悟（アーキア・極限環境細菌担当）
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┃ JCM株一覧表への分離源カテゴリーの追加
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「JCM株一覧表」に、分離源情報に基づくカテゴリーを追加いたしました。現
時点では、原核生物株のみが対象です。菌株の選定の際に是非ご活用ください。
JCM株一覧表
https://www.jcm.riken.jp/JCM/list/
分離源カテゴリーのリスト
https://www.jcm.riken.jp/JCM/list/description.html
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┃ 8/26 TRIP Summer Event 2025 のお知らせ
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理化学研究所 最先端研究プラットフォーム連携（TRIP）事業本部では、専門
学校生、高等専門学校生（4年生以上）、大学生、大学院生の皆さまを対象に、
理研の研究基盤となる研究技術を数多くの研究室に提供・支援しているコアフ
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https://web.brc.riken.jp/ja/archives/news/20250617_01
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┃ BRC公式Bluesky（SNS）を開設しました
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分散型SNSとして活用が広まっているBlueskyに、BRC公式アカウントを開設い
たしました。
バイオリソースに関連する情報や最新のお知らせを発信してまいります。
ぜひフォローをお願いいたします。
@riken-brc-jp.bsky.social
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┃ 新規公開微生物株（2025年5月-6月公開）
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細菌
"Agrococcus chionoecetis" JCM 37393 Proposed type strain
Arcobacter iocasae JCM 35939 Type strain
Blautia sp. JCM 36141
Blautia sp. JCM 36214
Brooklawnia propionicigenes JCM 15806
"Burkholderia theae" JCM 36471
Butyricimonas sp. JCM 36246
"Caenicola nitritireducens" JCM 31897 Proposed type strain
Clostridium sp. JCM 36194
"Congregicoccus parvus" JCM 36569 Proposed type strain
"Desulfurivibrio dismutans" JCM 39203 Proposed type strain
"Elusimicrobium posterum" JCM 31828 Proposed type strain
"Elusimicrobium simillimum" JCM 31830 Proposed type strain
Enterocloster sp. JCM 36192
Enterococcus montenegrensis JCM 34907
Faecalibacterium langellae JCM 39552 Type strain
"Flexibacterium corallicola" JCM 35474 Proposed type strain
"Frateuria hangzhouensis" JCM 35226 Proposed type strain
Gaoshiqia hydrogeniformans JCM 36072 Type strain
Geomonas sp. JCM 33031
"Gracilimonas aurantiaca" JCM 37229 Proposed type strain
Gulosibacter sediminis JCM 30297 Type strain
Halodesulfovibrio sp. JCM 32479
Humidisolicoccus flavus JCM 37009 Type strain
Janthinobacterium aestuarii JCM 36076 Type strain
"Lachnoanaerobaculum sanguinis" JCM 36186 Proposed type strain
Lacticaseibacillus salsurae JCM 37150 Type strain
Lactovum odontotermitis JCM 34431 Type strain
Lactovum odontotermitis JCM 34432
"Leuconostoc aquikimchii" JCM 37029
Levilactobacillus muriae JCM 37001 Type strain
"Lutibacter atrimaris" JCM 32877 Proposed type strain
"Magnetovirga frankeli" JCM 39467 Proposed type strain
"Maritimibacter harenae" JCM 33811 Proposed type strain
Methylobacterium sp. JCM 34944
Microaceticoccus formicicus JCM 39108 Type strain
"Microbacterium chionoecetis" JCM 37392 Proposed type strain
Micropruina sonneratiae JCM 34552 Type strain
"Nesiotobacter zosterae" JCM 14066 Proposed type strain
"Nocardioides jiangxiensis" JCM 36377 Proposed type strain
"Nocardioides limicola" JCM 33692 Proposed type strain
"Oceanispirochaeta piezotolerans" JCM 32615 Proposed type strain
"Paenibacillus haidiansis" JCM 37487 Proposed type strain
"Paenibacillus kandeliae" JCM 34547 Proposed type strain
"Paenibacillus sanfengchensis" JCM 37488 Proposed type strain
"Paracoccus yibinensis" JCM 36429 Proposed type strain
"Parelusimicrobium proximum" JCM 31829 Proposed type strain
Peptoniphilus sp. JCM 36142
Phocaeicola sp. JCM 36017
Phocaeicola sp. JCM 36018
Pilosibacter fragilis JCM 37189
"Pontosulfidobacter cellobiosiphilus" JCM 32480 Proposed type strain
Prevotella sp. JCM 36069
"Pseudodesulfovibrio turroides" JCM 32483 Proposed type strain
"Pseudogemmobacter faecipullorum" JCM 34182 Proposed type strain
Pseudolactococcus yaeyamensis JCM 36015 Type strain
Pseudomonas arabinosi JCM 37131 Type strain
Pseudomonas atacamensis JCM 34579
"Pseudomonas ceruminis" JCM 34110 Proposed type strain
"Pseudomonas faucium" JCM 34112 Proposed type strain
Pseudomonas frigoris JCM 37141 Type strain
Pseudomonas lyxosi JCM 37126 Type strain
Pseudomonas parafulva JCM 35035
"Pseudomonas paraglycinae" JCM 34581 Proposed type strain
"Pseudomonas parakoreensis" JCM 34582 Proposed type strain
"Pseudomonas parasichuanensis" JCM 34580 Proposed type strain
"Pseudomonas pharyngis" JCM 34583 Proposed type strain
"Pseudomonas pseudonitroreducens" JCM 34578 Proposed type strain
"Pseudomonas sputi" JCM 34577 Proposed type strain
Pseudomonas tohonis JCM 34584
"Pseudomonas urethralis" JCM 34111 Proposed type strain
Rhodococcus indonesiensis JCM 36625
Rodentibacter abscessus JCM 37054 Type strain
Rodentibacter abscessus JCM 37055
Rodentibacter abscessus JCM 37056
Roseomonas xinghualingensis JCM 35902 Type strain
"Saccharopolyspora mangrovi" JCM 34548 Proposed type strain
Sanyastnella coralliicola JCM 35373 Type strain
"Shewanella youngdeokensis" JCM 35745 Proposed type strain
Skermanella cutis JCM 34945 Type strain
"Sneathiella litorea" JCM 33810 Proposed type strain
Stenotrophomonas pigmentata JCM 36488 Type strain
Streptococcus sp. JCM 36001
Streptomyces avermitilis JCM 37747
Streptomyces avermitilis JCM 37748
Streptomyces avermitilis JCM 37749
Streptomyces avermitilis JCM 37750
Streptomyces avermitilis JCM 37751
Streptomyces avermitilis JCM 37752
Streptomyces avermitilis JCM 37753
Streptomyces avermitilis JCM 37754
Streptomyces avermitilis JCM 37847
Streptomyces avermitilis JCM 37848
Streptomyces avermitilis JCM 37849
Streptomyces cucumeris JCM 36418 Type strain
Streptomyces lycopersici JCM 36736 Type strain
"Streptomyces rubellus" JCM 35793 Proposed type strain
"Terrimonas alba" JCM 37058 Proposed type strain
Thiofaba tepidiphila JCM 39392
Unidentified bacterium JCM 36071
Unidentified bacterium JCM 36193
アーキア
"Halosimplex amylolyticum" JCM 37371 Proposed type strain
"Halosimplex halobium" JCM 34482 Proposed type strain
"Halosimplex marinum" JCM 34315 Proposed type strain
"Halovenus amylolytica" JCM 30833 Proposed type strain
"Halovenus halobia" JCM 34159 Proposed type strain
"Halovenus marina" JCM 37151 Proposed type strain
Methanosarcina baikalica JCM 39438 Type strain
真菌
Aaosphaeria arxii JCM 39574
Alternaria chlamydospora JCM 39575
Alternaria sp. JCM 39592
Ascoidea xinghuacunensis JCM 36890 Type strain
Atractium sp. JCM 39337
Camptophora sp. JCM 39274
Camptophora sp. JCM 39275
Camptophora sp. JCM 39276
Camptophora sp. JCM 39277
Camptophora sp. JCM 39278
Camptophora sp. JCM 39279
Cladosporium endophyticum JCM 37764
Cladosporium halotolerans JCM 37766
Cladosporium perangustum JCM 37760
Cladosporium sp. JCM 37761
Cladosporium sp. JCM 37762
Cladosporium sp. JCM 37763
Cladosporium sp. JCM 37768
Cladosporium sp. JCM 37769
Cladosporium sp. JCM 37770
Cladosporium sp. JCM 37771
Cladosporium sp. JCM 37772
Cladosporium sp. JCM 39603
Cladosporium sp. JCM 39604
Cladosporium sp. JCM 39605
Devonomyces endophyticus JCM 37765
Didymella heteroderae JCM 39578
Didymella segeticola JCM 39581
Epicoccum sp. JCM 39577
Epicoccum sp. JCM 39586
Geotrichum sinensis JCM 36364
Meira qingyuanensis JCM 36711 Type strain
Montagnula chromolaenae JCM 39589
Neocucurbitaria keratinophila JCM 39585
Neocucurbitaria sp. JCM 39582
Neocucurbitaria sp. JCM 39584
Neodevriesia kalakoutskii JCM 39594
Neodevriesia metrosideri JCM 39601
Neodevriesia modesta JCM 39591
Nigrograna sp. JCM 39598
Paecilomyces divaricatus JCM 12812
Paecilomyces formosus JCM 28097
Paecilomyces formosus JCM 28182
Paecilomyces sp. JCM 11338
Paradendryphiella arenariae JCM 39580
Phaeophleospora sp. JCM 39590
Pseudocercospora sp. JCM 39583
Pseudopithomyces palmicola JCM 39576
Pyrenochaetopsis sp. JCM 39579
Septoria galeopsidis JCM 39600
Sphaerulina sp. JCM 37767
Stemphylium sp. JCM 39588
Subplenodomus galicola JCM 39596
Unidentified fungus JCM 39451
Unidentified fungus JCM 39597
Unidentified fungus JCM 39599
Valsaria insitiva JCM 39593
Zalaria obscura JCM 39587
Zasmidium sp. JCM 39595
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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2025年07月08日
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