JCM Mail News No. 137


**********************************************************************
RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
                JCM Mail News (電子メール版) No. 137
**********************************************************************

    理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室(JCM)
    が公開している微生物等の最新情報をお届けします。

━━━━  目  次  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 ● リソース紹介「高次分類群の正名承認に寄与した原核生物株」
 ● JCM株一覧表への分離源カテゴリーの追加
 ● 8/26 TRIP Summer Event 2025 のお知らせ
 ● BRC公式Bluesky(SNS)を開設しました
 ● 新規公開微生物株(2025年5月-6月公開)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  リソース紹介「高次分類群の正名承認に寄与した原核生物株」
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
現在、国際原核生物命名規約では、高次分類群として「門 (phylum)」、
「界 (kingdom)」、さらには「ドメイン (domain)」までが正式に採用されて
います。ドメインは細菌 (Bacteria) とアーキア (Archaea)の2つ、その一つ
下位の界においては、細菌ドメインで4つ、アーキアドメインで4つがそれぞ
れ正式に承認されています。アーキアドメインの4界のうちの1つが
Nanobdellati界であり、この分類名の由来となったNanobdella aerobiophila
MJ1T (=JCM 33616T) を以前当室の研究グループが報告しました。2024年には、
Promethearchaeum syntrophicum MK-D1T (=JCM 39240T)の属名に基づいて、
Promethearchaeati界が承認されました。一方で、細菌ドメインにおいては、
CPR(Candidate phyla radiation)群と呼ばれていたMinisyncoccota門や、
'Marine Group A'もしくはSAR406群と呼ばれていたFidelibacterota門など、
新門の提唱および承認が相次いでいます。それぞれの門名は、
Minisyncoccus archaeiphilus PMX.108T (=JCM 39522T)およびFidelibacter
multiformis IA91T (=JCM 39387T)の属名に基づいて名付けられました。上記
の種はそれぞれ、特定の宿主の細胞外に付着する絶対共生性であったり、触手
のような突起構造を形成したり、他者の特定細胞成分を利用しないと生育でき
なかったりと、いずれも培養しないと明らかにできなかった特徴を有しており、
分類学としてだけでなく、生理・生態・進化を含めて微生物学全般において重
要な知見を与えてきました。現時点では、上記のMK-D1T株とPMX.108T株は、数
ある国際カルチャーコレクションの中でもJCMからのみ公開されています。JCM
では、上記の株の他にも、系統学的にも生理機能的にも多様な菌株を公開して
おり、生きた「モノ」として提供可能です。

参考文献:
Kato et al. 2022. Nanobdella aerobiophila gen. nov., sp. nov., a
thermoacidophilic, obligate ectosymbiotic archaeon, and proposal of
Nanobdellaceae fam. nov., Nanobdellales ord. nov. and Nanobdellia
class. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 72: 005489.
DOI: 10.1099/ijsem.0.005489

Imachi et al. 2024. Promethearchaeum syntrophicum gen. nov., sp. nov.,
an anaerobic, obligately syntrophic archaeon, the first isolate of the
lineage 'Asgard' archaea, and proposal of the new archaeal phylum
Promethearchaeota phyl. nov. and kingdom Promethearchaeati regn. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 74: 006435.
DOI: 10.1099/ijsem.0.006435

Katayama et al. 2024. Fidelibacter multiformis gen. nov., sp. nov.,
isolated from a deep subsurface aquifer and proposal of
Fidelibacterota phyl. nov., formerly called Marine Group A, SAR406 or
Candidatus Marinimicrobia
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 74: 006558.
DOI: 10.1099/ijsem.0.006558

Nakajima et al. 2025. Minisyncoccus archaeiphilus gen. nov., sp. nov.,
a mesophilic, obligate parasitic bacterium and proposal of
Minisyncoccaceae fam. nov., Minisyncoccales ord. nov., Minisyncoccia
class. nov. and Minisyncoccota phyl. nov. formerly referred to as
Candidatus Patescibacteria or candidate phyla radiation
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 75: 006668.
DOI: 10.1099/ijsem.0.006668

加藤真悟(アーキア・極限環境細菌担当)

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  JCM株一覧表への分離源カテゴリーの追加
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
「JCM株一覧表」に、分離源情報に基づくカテゴリーを追加いたしました。現
時点では、原核生物株のみが対象です。菌株の選定の際に是非ご活用ください。

JCM株一覧表
https://www.jcm.riken.jp/JCM/list/

分離源カテゴリーのリスト
https://www.jcm.riken.jp/JCM/list/description.html

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  8/26 TRIP Summer Event 2025 のお知らせ
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
理化学研究所 最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部では、専門
学校生、高等専門学校生(4年生以上)、大学生、大学院生の皆さまを対象に、
理研の研究基盤となる研究技術を数多くの研究室に提供・支援しているコアフ
ァシリティで働く技術者たちの仕事や日頃見ることができない作業現場を公開
する一日限りのイベント(講演および見学会)を開催します。

筑波地区では、「バイオリソースなくして、研究なし!」と称される、「世界
のライフサイエンス研究を支える拠点・BRC(バイオリソースセンター)」を
見学することができます。

生命科学を支えるリアルな研究の最前線を、あなたの目で体感してください!

巧みな技術を持つ諸先輩方と交流できる貴重な機会です。ぜひ、ご応募ください!

お申込み・詳細は下記をご覧ください。

8/26 TRIP Summer Event 2025
理研の研究力を支えるコアファシリティで働く:匠への道
https://web.brc.riken.jp/ja/archives/news/20250617_01

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  BRC公式Bluesky(SNS)を開設しました
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
分散型SNSとして活用が広まっているBlueskyに、BRC公式アカウントを開設い
たしました。
バイオリソースに関連する情報や最新のお知らせを発信してまいります。
ぜひフォローをお願いいたします。

@riken-brc-jp.bsky.social

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  新規公開微生物株(2025年5月-6月公開)
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
細菌
"Agrococcus chionoecetis"              JCM 37393  Proposed type strain
Arcobacter iocasae                     JCM 35939  Type strain
Blautia sp.                            JCM 36141
Blautia sp.                            JCM 36214
Brooklawnia propionicigenes            JCM 15806
"Burkholderia theae"                   JCM 36471
Butyricimonas sp.                      JCM 36246
"Caenicola nitritireducens"            JCM 31897  Proposed type strain
Clostridium sp.                        JCM 36194
"Congregicoccus parvus"                JCM 36569  Proposed type strain
"Desulfurivibrio dismutans"            JCM 39203  Proposed type strain
"Elusimicrobium posterum"              JCM 31828  Proposed type strain
"Elusimicrobium simillimum"            JCM 31830  Proposed type strain
Enterocloster sp.                      JCM 36192
Enterococcus montenegrensis            JCM 34907
Faecalibacterium langellae             JCM 39552  Type strain
"Flexibacterium corallicola"           JCM 35474  Proposed type strain
"Frateuria hangzhouensis"              JCM 35226  Proposed type strain
Gaoshiqia hydrogeniformans             JCM 36072  Type strain
Geomonas sp.                           JCM 33031
"Gracilimonas aurantiaca"              JCM 37229  Proposed type strain
Gulosibacter sediminis                 JCM 30297  Type strain
Halodesulfovibrio sp.                  JCM 32479
Humidisolicoccus flavus                JCM 37009  Type strain
Janthinobacterium aestuarii            JCM 36076  Type strain
"Lachnoanaerobaculum sanguinis"        JCM 36186  Proposed type strain
Lacticaseibacillus salsurae            JCM 37150  Type strain
Lactovum odontotermitis                JCM 34431  Type strain
Lactovum odontotermitis                JCM 34432
"Leuconostoc aquikimchii"              JCM 37029
Levilactobacillus muriae               JCM 37001  Type strain
"Lutibacter atrimaris"                 JCM 32877  Proposed type strain
"Magnetovirga frankeli"                JCM 39467  Proposed type strain
"Maritimibacter harenae"               JCM 33811  Proposed type strain
Methylobacterium sp.                   JCM 34944
Microaceticoccus formicicus            JCM 39108  Type strain
"Microbacterium chionoecetis"          JCM 37392  Proposed type strain
Micropruina sonneratiae                JCM 34552  Type strain
"Nesiotobacter zosterae"               JCM 14066  Proposed type strain
"Nocardioides jiangxiensis"            JCM 36377  Proposed type strain
"Nocardioides limicola"                JCM 33692  Proposed type strain
"Oceanispirochaeta piezotolerans"      JCM 32615  Proposed type strain
"Paenibacillus haidiansis"             JCM 37487  Proposed type strain
"Paenibacillus kandeliae"              JCM 34547  Proposed type strain
"Paenibacillus sanfengchensis"         JCM 37488  Proposed type strain
"Paracoccus yibinensis"                JCM 36429  Proposed type strain
"Parelusimicrobium proximum"           JCM 31829  Proposed type strain
Peptoniphilus sp.                      JCM 36142
Phocaeicola sp.                        JCM 36017
Phocaeicola sp.                        JCM 36018
Pilosibacter fragilis                  JCM 37189
"Pontosulfidobacter cellobiosiphilus"  JCM 32480  Proposed type strain
Prevotella sp.                         JCM 36069
"Pseudodesulfovibrio turroides"        JCM 32483  Proposed type strain
"Pseudogemmobacter faecipullorum"      JCM 34182  Proposed type strain
Pseudolactococcus yaeyamensis          JCM 36015  Type strain
Pseudomonas arabinosi                  JCM 37131  Type strain
Pseudomonas atacamensis                JCM 34579
"Pseudomonas ceruminis"                JCM 34110  Proposed type strain
"Pseudomonas faucium"                  JCM 34112  Proposed type strain
Pseudomonas frigoris                   JCM 37141  Type strain
Pseudomonas lyxosi                     JCM 37126  Type strain
Pseudomonas parafulva                  JCM 35035
"Pseudomonas paraglycinae"             JCM 34581  Proposed type strain
"Pseudomonas parakoreensis"            JCM 34582  Proposed type strain
"Pseudomonas parasichuanensis"         JCM 34580  Proposed type strain
"Pseudomonas pharyngis"                JCM 34583  Proposed type strain
"Pseudomonas pseudonitroreducens"      JCM 34578  Proposed type strain
"Pseudomonas sputi"                    JCM 34577  Proposed type strain
Pseudomonas tohonis                    JCM 34584
"Pseudomonas urethralis"               JCM 34111  Proposed type strain
Rhodococcus indonesiensis              JCM 36625
Rodentibacter abscessus                JCM 37054  Type strain
Rodentibacter abscessus                JCM 37055
Rodentibacter abscessus                JCM 37056
Roseomonas xinghualingensis            JCM 35902  Type strain
"Saccharopolyspora mangrovi"           JCM 34548  Proposed type strain
Sanyastnella coralliicola              JCM 35373  Type strain
"Shewanella youngdeokensis"            JCM 35745  Proposed type strain
Skermanella cutis                      JCM 34945  Type strain
"Sneathiella litorea"                  JCM 33810  Proposed type strain
Stenotrophomonas pigmentata            JCM 36488  Type strain
Streptococcus sp.                      JCM 36001
Streptomyces avermitilis               JCM 37747
Streptomyces avermitilis               JCM 37748
Streptomyces avermitilis               JCM 37749
Streptomyces avermitilis               JCM 37750
Streptomyces avermitilis               JCM 37751
Streptomyces avermitilis               JCM 37752
Streptomyces avermitilis               JCM 37753
Streptomyces avermitilis               JCM 37754
Streptomyces avermitilis               JCM 37847
Streptomyces avermitilis               JCM 37848
Streptomyces avermitilis               JCM 37849
Streptomyces cucumeris                 JCM 36418  Type strain
Streptomyces lycopersici               JCM 36736  Type strain
"Streptomyces rubellus"                JCM 35793  Proposed type strain
"Terrimonas alba"                      JCM 37058  Proposed type strain
Thiofaba tepidiphila                   JCM 39392
Unidentified bacterium                 JCM 36071
Unidentified bacterium                 JCM 36193

アーキア
"Halosimplex amylolyticum"             JCM 37371  Proposed type strain
"Halosimplex halobium"                 JCM 34482  Proposed type strain
"Halosimplex marinum"                  JCM 34315  Proposed type strain
"Halovenus amylolytica"                JCM 30833  Proposed type strain
"Halovenus halobia"                    JCM 34159  Proposed type strain
"Halovenus marina"                     JCM 37151  Proposed type strain
Methanosarcina baikalica               JCM 39438  Type strain

真菌
Aaosphaeria arxii                      JCM 39574
Alternaria chlamydospora               JCM 39575
Alternaria sp.                         JCM 39592
Ascoidea xinghuacunensis               JCM 36890  Type strain
Atractium sp.                          JCM 39337
Camptophora sp.                        JCM 39274
Camptophora sp.                        JCM 39275
Camptophora sp.                        JCM 39276
Camptophora sp.                        JCM 39277
Camptophora sp.                        JCM 39278
Camptophora sp.                        JCM 39279
Cladosporium endophyticum              JCM 37764
Cladosporium halotolerans              JCM 37766
Cladosporium perangustum               JCM 37760
Cladosporium sp.                       JCM 37761
Cladosporium sp.                       JCM 37762
Cladosporium sp.                       JCM 37763
Cladosporium sp.                       JCM 37768
Cladosporium sp.                       JCM 37769
Cladosporium sp.                       JCM 37770
Cladosporium sp.                       JCM 37771
Cladosporium sp.                       JCM 37772
Cladosporium sp.                       JCM 39603
Cladosporium sp.                       JCM 39604
Cladosporium sp.                       JCM 39605
Devonomyces endophyticus               JCM 37765
Didymella heteroderae                  JCM 39578
Didymella segeticola                   JCM 39581
Epicoccum sp.                          JCM 39577
Epicoccum sp.                          JCM 39586
Geotrichum sinensis                    JCM 36364
Meira qingyuanensis                    JCM 36711  Type strain
Montagnula chromolaenae                JCM 39589
Neocucurbitaria keratinophila          JCM 39585
Neocucurbitaria sp.                    JCM 39582
Neocucurbitaria sp.                    JCM 39584
Neodevriesia kalakoutskii              JCM 39594
Neodevriesia metrosideri               JCM 39601
Neodevriesia modesta                   JCM 39591
Nigrograna sp.                         JCM 39598
Paecilomyces divaricatus               JCM 12812
Paecilomyces formosus                  JCM 28097
Paecilomyces formosus                  JCM 28182
Paecilomyces sp.                       JCM 11338
Paradendryphiella arenariae            JCM 39580
Phaeophleospora sp.                    JCM 39590
Pseudocercospora sp.                   JCM 39583
Pseudopithomyces palmicola             JCM 39576
Pyrenochaetopsis sp.                   JCM 39579
Septoria galeopsidis                   JCM 39600
Sphaerulina sp.                        JCM 37767
Stemphylium sp.                        JCM 39588
Subplenodomus galicola                 JCM 39596
Unidentified fungus                    JCM 39451
Unidentified fungus                    JCM 39597
Unidentified fungus                    JCM 39599
Valsaria insitiva                      JCM 39593
Zalaria obscura                        JCM 39587
Zasmidium sp.                          JCM 39595

詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue

------------------------
※ メールニュースの配信を停止されたい場合は、こちらのページ
( https://jcm.brc.riken.jp/ja/jcmmn )で配信停止を行ってください。
※ 当メールへのご質問などは、微生物材料開発室( inquiry.jcm@riken.jp )
までお送りください。
※ 当メールニュース受信者各位機関のサーバーメンテナンス等によりメール
ニュースをお届けできない場合でも、メールニュースの再発行は行いません。
発行済みのメールニュースは当開発室のWebサイトで公開しておりますので
そちらをご覧ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/mailnews
※ 本メールに記載された内容は予告することなく変更することがあります。
※ 本メールに掲載された記事を許可なく複製・転載することを禁止します。
_____________________________________________
発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry.jcm@riken.jp
https://jcm.brc.riken.jp/ja/
https://x.com/RBRC_JCM_jp
https://x.com/RIKEN_BRC_jp
https://bsky.app/profile/riken-brc-jp.bsky.social
2025年07月08日
_____________________________________________


コメントは受け付けていません。