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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 132
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
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● リソース紹介「窒素ガスをアンモニアに固定する窒素固定細菌」
● 日本微生物生態学会第37回広島大会ブース展示のお知らせ
● 「JCM BLAST検索」を公開しました
● 新規公開微生物株（2024年7月-2024年9月公開）
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┃ リソース紹介「窒素ガスをアンモニアに固定する窒素固定細菌」
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窒素ガスを窒素化合物（アンモニア態窒素）に変換する窒素固定細菌は、マメ
科植物をはじめ、様々な真核生物と共生し窒素化合物供給しており、農業でも
利活用されています。窒素固定能を有する生物は、ニトロプラスト（窒素固定
する細胞小器官）を有する海洋性の藻類を除き、原核生物に限られています
（Coale et al., 2024）。しかし、植物に窒素固定遺伝子を導入することで、
窒素固定真核生物を作成する研究も精力的に進められています（Stokstad
2016）。窒素固定遺伝子を持つ生物は、ゲノム情報が公開されている全原核生
物の7.8%に及び、多様な系統群で見つかっています（Florence et al., 2017）。
JCMでは窒素固定酵素（ニトロゲナーゼ）の研究で用いられてきた窒素固定モ
デル株に加え、高温環境に適応した珍しい窒素固定細菌も公開しています。
それらの一部を、以下に紹介いたします。
・窒素固定細菌のモデル生物
Azotobacter vinelandii JCM 21475T, Rhodobacter capsulatus JCM 21090T
好気性窒素固定細菌および窒素固定を行う光合成細菌のモデル微生物として、
古くからニトロゲナーゼの酵素研究等で利用されてきました。一般的なモリブ
デン型の窒素固定酵素の他、2つの代替ニトロゲナーゼ（鉄型、バナジウム型）
を有します。同種を用いた研究で、代替ニトロゲナーゼの結晶構造が近年明ら
かにされ、さらに、代替ニトロゲナーゼが窒素ガス以外の気体（一酸化炭素や
二酸化炭素など）も還元できることが報告されました。それにより、代替ニト
ロゲナーゼの新たな機能が解明されつつあります（Sippel & Einsle 2017,
Jasniewski et al., 2020, Schmidt et al., 2024等）。
Clostridium pasteurianum JCM 1408T
嫌気性窒素固定細菌のモデル微生物で、古くから酵素研究で利用されてきた
株です。モリブデン型のニトロゲナーゼの結晶構造が明らかにされています
(Kim et al., 1993)。
Caldicellurosiruptor diazotrophicus JCM 34253T
日本の温泉から分離された窒素固定細菌で、バクテリアドメインで1番高温で
ある78度で窒素固定をすることが報告されています（Chen et al., 2021）。
この細菌は、窒素固定に必須であると考えられてきたNifN遺伝子を持っていま
せん。NifNを欠いているにもかかわらず窒素固定を行う例は、これが2例目の
報告ですが、そのメカニズムについてはまだ解明されていません。
その他、窒素固定関連の研究等で報告されている窒素固定細菌の種の一例を
以下に紹介いたします。
Azospirillum brasilense JCM 1224T
Bradyrhizobium diazoefficiens JCM 10833T
Rhizobium leguminosarum JCM 20684
Rhizobium etli JCM 21823T
Stutzerimonas stutzeri JCM 5965T
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae JCM 1662T
Klebsiella oxytoca JCM 1665T
参考文献
·Tyler H. Coale et al., Nitrogen-fixing organelle in a marine alga.
Science 384, 217-222 (2024).
·Erik Stokstad, The nitrogen fix. Science 353, 1225-1227 (2016).
·Florence Mus et al., Geobiological feedbacks, oxygen, and the
evolution of nitrogenase. Free Radical Biology and Medicine (2019).
·Jongsun Kim D et al., X-ray crystal structure of the nitrogenase
molybdenum-iron protein from Clostridium pasteurianum at 3.0-.ANG.
resolution (1993)
·Frederik V. Schmidt et al. Structural insights into the iron
nitrogenase complex. Nat Struct Mol Biol 31, 150-158 (2024).
·Daniel Sippel & Oliver Einsle. The structure of vanadium nitrogenase
reveals an unusual bridging ligand. Nat Chem Biol 13, 956-960 (2017).
·Yuxin Chen, Arisa Nishihara, Shin Haruta, Nitrogen-fixing Ability and
Nitrogen Fixation-related Genes of Thermophilic Fermentative Bacteria
in the Genus Caldicellulosiruptor, Microbes and Environments, 36, 2 (2021)
西原亜理沙（特別研究員）
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┃ 日本微生物生態学会第37回広島大会ブース展示のお知らせ
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日本微生物生態学会第37回広島大会においてJCMのブース展示を行います。
どうぞブースにお立ち寄り下さいますようご案内いたします。
日本微生物生態学会第37回広島大会
展示会期：2024年10月29日（火）- 31日（木）
展示会場：広島国際会議場
大会ホームページ：https://2024.jsme-conference.net/
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┃ 「JCM BLAST検索」を公開しました
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「JCM BLAST検索」を公開いたしました。クエリ配列と相同性のあるゲノム配
列をもつJCM株（もしくは同等株）を検索することができます。
現時点では、原核生物株のみが対象です。是非ご活用ください。
JCM BLAST検索
https://www.jcm.riken.jp/JCM/jcmblast/jp/
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┃ 新規公開微生物株（2024年7月-2024年9月公開）
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細菌
"Absicoccus intestinalis" JCM 37183 Proposed type strain
"Agromyces chromiiresistens" JCM 36199 Proposed type strain
"Aliirhizobium terrae" JCM 35482 Proposed type strain
Ancylobacter mangrovi JCM 34924 Type strain
Aquirufa regiilacus JCM 36347 Type strain
Aquirufa regiilacus JCM 36348
Arthrobacter horti JCM 36483 Type strain
"Atrimonas thermophila" JCM 39389 Proposed type strain
Azoarcus sp. JCM 37161
Blautia celeris JCM 37065 Type strain
Blautia intestinalis JCM 37171 Type strain
Blautia parvula JCM 37149 Type strain
Chitinophaga pollutisoli JCM 36644 Type strain
Clostridium lamae JCM 35704 Type strain
"Companilactobacillus muriivasis" JCM 35891 Proposed type strain
Coprococcus hominis JCM 37066 Type strain
Corynebacterium antarcticum JCM 37218 Type strain
Dolosigranulum savutiense JCM 36673 Type strain
Faecalibacterium taiwanense JCM 39529 Type strain
Flavobacterium panacagri JCM 36132 Type strain
Flavobacterium psychrotrophum JCM 32889 Type strain
Frateuria aurantia JCM 25126
Frateuria aurantia JCM 25127
Frateuria aurantia JCM 25129
Frateuria aurantia JCM 25130
Frateuria aurantia JCM 25131
Frateuria aurantia JCM 25132
Frateuria aurantia JCM 25133
Frateuria aurantia JCM 25134
Frateuria aurantia JCM 25135
Frateuria aurantia JCM 25136
Frateuria aurantia JCM 25137
Frateuria aurantia JCM 25138
Frateuria aurantia JCM 25139
Frateuria aurantia JCM 25140
Frateuria aurantia JCM 25141
Gilvirhabdus luticola JCM 36595 Type strain
"Grylomicrobium aquisgranensis" JCM 37182 Proposed type strain
"Hymenobacter knuensis" JCM 31814 Proposed type strain
"Intestinicryptomonas porci" JCM 37181 Proposed type strain
Lacrimispora brassicae JCM 32810 Type strain
Lacticaseibacillus casei JCM 37179
"Lacticaseibacillus salsurivasis" JCM 35890 Proposed type strain
Lactiplantibacillus plantarum JCM 37178
Limosilactobacillus fermentum JCM 37180
"Mangrovimicrobium sediminis" JCM 32136 Proposed type strain
"Marinobacter apostichopi" JCM 36175 Proposed type strain
"Massilioclostridium coli" JCM 37075 Proposed type strain
"Methylobacter svalbardensis" JCM 39463 Proposed type strain
"Nocardioides bruguierae" JCM 34554 Proposed type strain
Nocardioides renjunii JCM 33792 Type strain
"Novosphingobium album" JCM 36177 Proposed type strain
Pedobacter faecalis JCM 36003 Type strain
Planococcus liqunii JCM 36226 Type strain
Planococcus shenhongbingii JCM 36224 Type strain
Planococcus shixiaomingii JCM 36225 Type strain
"Pseudoalteromonas apostichopi" JCM 36173 Proposed type strain
Pseudomonas beijingensis JCM 35689 Type strain
Pseudomonas paeninsulae JCM 36637 Type strain
Pseudomonas svalbardensis JCM 36638 Type strain
Pseudonocardia lacus JCM 34851 Type strain
"Reichenbachiella agarivorans" JCM 35840 Proposed type strain
"Reichenbachiella carrageenanivorans" JCM 35841 Proposed type strain
"Reichenbachiella ulvae" JCM 35839 Proposed type strain
Saccharopolyspora soli JCM 33912 Type strain
"Salinibacterium metalliresistens" JCM 36200 Proposed type strain
Salinibacterium soli JCM 36421 Type strain
Sphingobacterium luzhongxinii JCM 33886 Type strain
Sphingobacterium tenebrionis JCM 36663 Type strain
Sphingobacterium zhuxiongii JCM 33600 Type strain
"Sphingobium arseniciresistens" JCM 36467 Proposed type strain
"Sphingomonas pollutisoli" JCM 36466 Proposed type strain
"Streptomyces yongxingensis" JCM 34965
Tepidibacillus marianensis JCM 39431 Type strain
Thalassotalea nanhaiensis JCM 33808 Type strain
"Thermatribacter velox" JCM 39351 Proposed type strain
Thiobacillus sedimenti JCM 39443 Type strain
Thiopseudomonas acetoxidans JCM 35747 Type strain
"Tomitella fengzijianii" JCM 33467 Proposed type strain
"Tomitella gaofuii" JCM 34231 Proposed type strain
Unidentified bacterium JCM 39386
Unidentified bacterium JCM 39387
Vagococcus jeotgali JCM 35937 Type strain
Variovorax sp. JCM 37046
"Vibrio apostichopi" JCM 36174 Proposed type strain
アーキア
"Ignisphaera cupida" JCM 39446 Proposed type strain
"Methanimicrococcus hacksteinii" JCM 39383 Proposed type strain
"Methanimicrococcus hongohii" JCM 39385 Proposed type strain
"Methanimicrococcus stummii" JCM 39384 Proposed type strain
"Methanolapillus africanus" JCM 39381 Proposed type strain
"Methanolapillus millepedarum" JCM 39380 Proposed type strain
"Methanolapillus ohkumae" JCM 39382 Proposed type strain
Promethearchaeum syntrophicum JCM 39240 Type strain
真菌
Asterotremella albida JCM 24503
Begerowomyces aurantius JCM 33898
Cryptococcus sp. JCM 24502
Cryptococcus sp. JCM 24506
Cryptococcus sp. JCM 24507
Cryptococcus sp. JCM 24511
Kalmanozyma fusiformata JCM 24912
Kalmanozyma fusiformata JCM 25725
Kalmanozyma fusiformata JCM 25775
Kalmanozyma fusiformata JCM 25781
Kalmanozyma fusiformata JCM 25789
Ogataea sp. JCM 24526
Pichia membranifaciens JCM 28210
Rhodotorula sp. JCM 24513
Robbauera albescens JCM 28604
Saitozyma podzolica JCM 24505
Saitozyma podzolica JCM 24508
Saitozyma podzolica JCM 24510
Solicoccozyma terricola JCM 24514
Solicoccozyma terricola JCM 24515
Solicoccozyma terricola JCM 24516
Solicoccozyma terricola JCM 24517
Solicoccozyma terricola JCM 24518
Solicoccozyma terricola JCM 24519
Solicoccozyma terricola JCM 24520
Solicoccozyma terricola JCM 24521
Solicoccozyma terricola JCM 24522
Solicoccozyma terricola JCM 24523
Solicoccozyma terricola JCM 28240
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
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2024年10月16日
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