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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 129
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
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● リソース紹介 「ゲノム系統学に基づくBacillus属細菌の再編成による
Bacillus coagulansの近年の学名変更について」
● 日本農芸化学会2024年度大会におけるパネル展示のお知らせ
● 新規公開微生物株（2023年12月-2024年2月公開）
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┃ リソース紹介 「ゲノム系統学に基づくBacillus属細菌の再編成による
┃ Bacillus coagulansの近年の学名変更について」
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Bacillus coagulansは牛や豚など家畜のプロバイオティクスに利用されてい
ます。一方で、高い耐熱性を有する芽胞を形成するBacillus属細菌の中でも
B. coagulansの形成する芽胞は耐熱性が高く、腐敗・変敗の代表的原因菌とし
ても知られています。その為、B. coagulansはJCM保有株の中でも頻繁に利用
される細菌の一つです。このB. coagulansは2020年と2023年の再分類により、
2度にわたって学名が変更され、系統分類学が専門ではない研究者にとっては
難解な状況が生じましたので、学名変更の経緯とJCMでの本種の取り扱いにつ
いて解説致します。
Bacillus属および関連細菌は300種以上に及び、過去にも、分子系統解析の
導入など解析技術の進化に応じて、幾度となく再分類・再編成が繰り返されて
きました。ゲノミクスの急速な発展に伴い、ゲノム系統学が細菌の系統分類に
取り込まれるようになった現在でも、この潮流は続いています。2020年に、
Guptaらは303種のBacillusに対して、650のコア蛋白質に基づく系統解析とタ
ンパク質配列のindels（挿入/欠失）の解析を行い、17属を新たに設けました。
B. coagulansを含む3種は近縁の種と比べて2つのタンパク質配列が多く保存さ
れていたことから、Weizmannia属が新設され、B. coagulansはWeizmannia
coagulansと改められました。しかし、2023年にRaoらはWeizmannia属と近傍の
Heyndrickxia属およびMargalitia属に対してタンパク質コード遺伝子の平均ア
ミノ酸同一性解析 (Average amino acid identity, AAI) を実施し、これらの
同一性が66%以上であることを明らかにしました。この値は属を識別する閾値と
される65%より高いことから、これら3属をHeyndrickxia属にまとめることが提
案され、W. coagulansはHeyndrickxia coagulansに改められました。JCMでは、
これらの研究背景に従い、Heyndrickxia coagulansの学名で表記していますが、
利用者の利便性を考慮し、シノニムであるBacillus coagulansおよび
Weizmannia coagulansでも検索可能となっています。
[参考資料]
1. Gupta, R. S. et al. 2020. Robust demarcation of 17 distinct
Bacillus species clades, proposed as novel Bacillaceae genera, by
phylogenomics and comparative genomic analyses: description of
Robertmurraya kyonggiensis sp. nov. and proposal for an emended genus
Bacillus limiting it only to the members of the Subtilis and Cereus
clades of species. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 70: 5753-5798.
doi: 10.1099/ijsem.0.004475
2. Narsing Rao, M. P. et al. 2023. Genome-based reclassification of
Bacillus acidicola, Bacillus pervagus and the genera Heyndrickxia,
Margalitia and Weizmannia. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 73: 005961.
doi: 10.1099/ijsem.0.005961
飯野 隆夫、押田 祐美（好気性および通性嫌気性細菌担当）
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┃ 日本農芸化学会2024年度大会におけるパネル展示のお知らせ
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日本農芸化学会2024年度大会においてJCMのパネル展示を行います。本大会に
ご出席される方はどうぞブースにお立ち寄り下さいますようご案内いたします。
日本農芸化学会2024年度大会
展示会期 2024年3月24日（日）～27日（水）
展示会場 東京農業大学 世田谷キャンパス
（〒156-8502 東京都世田谷区桜丘1-1-1）
大会ホームページ：https://www.jsbba.or.jp/2024/
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┃ 新規公開微生物株（2023年12月-2024年2月公開）
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細菌
Acetobacter vaccinii JCM 34085 Type strain
Algoriphagus sp. JCM 19877
Alteriqipengyuania abyssalis JCM 36304 Type strain
Alteriqipengyuania halimionae JCM 36212 Type strain
Alteriqipengyuania lutimaris JCM 36218 Type strain
Amycolatopsis mongoliensis JCM 30565 Type strain
Anaerohalosphaera lusitana JCM 31926 Type strain
Anaeromyxobacter oryzisoli JCM 35124 Type strain
Anaeromyxobacter soli JCM 35123 Type strain
Anaeromyxobacter terrae JCM 35581 Type strain
Aristophania vespae JCM 34086 Type strain
Arthrobacter jinronghuae JCM 35822 Type strain
Arthrobacter zhaoxinii JCM 35821 Type strain
Bacillus changyiensis JCM 36478
Chryseobacterium pyrolae JCM 35712 Type strain
Citrobacter enshiensis JCM 35851 Type strain
Comamonas endophytica JCM 35331 Type strain
Cupriavidus necator JCM 36303 Type strain
"Desulfoferula mesophilus" JCM 39399 Proposed type strain
Devosia algicola JCM 35405 Type strain
Devosia rhodophyticola JCM 35404 Type strain
Flavimaribacter sediminis JCM 34659 Type strain
Flavobacterium potami JCM 34833 Type strain
Francisella halioticida JCM 35608
Geothrix oryzisoli JCM 39324 Type strain
Glycomyces niveus JCM 33975 Type strain
Halothiobacillus diazotrophicus JCM 39442 Type strain
"Helicovermis profundi" JCM 39167 Proposed type strain
Holophaga foetida JCM 39407 Type strain
Lacibacter sediminis JCM 35802 Type strain
Limihaloglobus sulfuriphilus JCM 31927 Type strain
"Limosilactobacillus walteri" JCM 32759 Proposed type strain
Luteibacter aegosomaticola JCM 35472 Type strain
Luteibacter aegosomatis JCM 35471 Type strain
Luteibacter aegosomatissinici JCM 35473 Type strain
Mariniradius sediminis JCM 35631 Type strain
Marinitoga aeolica JCM 39183 Type strain
Methylomonas sp. JCM 31870
Mycolicibacterium arseniciresistens JCM 35915 Type strain
Pectobacterium jejuense JCM 35940 Type strain
"Phocaeicola acetigenes" JCM 35696 Proposed type strain
"Phycicoccus sonneraticus" JCM 34337 Proposed type strain
Pseudomonas aestuarii JCM 35697 Type strain
Pseudomonas cucumis JCM 35690 Type strain
Pseudomonas triclosanedens JCM 36056 Type strain
Qipengyuania aestuarii JCM 36219 Type strain
Rhodobacter xanthinilyticus JCM 31567 Type strain
Shewanella goraebulis JCM 35744 Type strain
Streptomyces huiliensis JCM 34963 Type strain
Streptomyces koelreuteriae JCM 34747 Type strain
Tellurirhabdus bombi JCM 35040 Type strain
Tenacibaculum tangerinum JCM 36353 Type strain
Tepidibacter aestuarii JCM 35983 Type strain
アーキア
Haladaptatus caseinilyticus JCM 34917 Type strain
Halobacterium sp. JCM 16982
Halomicrococcus gelatinilyticus JCM 30842 Type strain
Halosimplex aquaticum JCM 31853 Type strain
Halospeciosus flavus JCM 33735 Type strain
Methanobrevibacter cuticularis JCM 39453 Type strain
Methanobrevibacter filiformis JCM 39454 Type strain
Methanobrevibacter millerae JCM 39457 Type strain
Methanobrevibacter olleyae JCM 39458 Type strain
Methanobrevibacter thaueri JCM 39455 Type strain
Methanobrevibacter woesei JCM 39456 Type strain
Natrinema sp. JCM 16983
"Pyrofollis japonicus" JCM 39171 Proposed type strain
Thermococcus thermotolerans JCM 39367 Type strain
Unidentified archaeon JCM 16984
真菌
Meyerozyma guilliermondii JCM 28202
Meyerozyma guilliermondii JCM 28596
Papiliotrema flavescens JCM 28610
Solicoccozyma aeria JCM 14060
Solicoccozyma aeria JCM 14268
Tausonia pullulans JCM 14051
Yamadazyma olivae JCM 28627
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry.jcm@riken.jp
https://jcm.brc.riken.jp/ja/
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2024年03月14日
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