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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 118
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
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● 「理化学研究所和光・筑波・仙台地区 一般公開」（4月17日）
オンライン開催のお知らせ
● リソース紹介「ヒト腸内から分離された微生物株について」
● 新規公開微生物株（2021年2月-2021年3月公開）
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┃ 「理化学研究所和光・筑波・仙台地区 一般公開」（4月17日）
┃ オンライン開催のお知らせ
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理研の研究成果や最先端の科学・技術に親しみ、理解を深めていただくため、
毎年、科学技術週間に行っている和光地区一般公開。今年は新型コロナウイル
スの感染拡大防止対策のためオンラインで、筑波、仙台地区との合同で開催し
ます！
一部のコンテンツでは事前申込みが必要なものがあります。
詳細は特設サイトをご覧ください。
https://openday.riken.jp/
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┃ リソース紹介「ヒト腸内から分離された微生物株について」
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次世代シークエンサーを活用した微生物叢の網羅的な解析により、培養を介さ
ずともヒト腸内細菌叢の把握およびその機能を容易に理解できるようになりま
した。培養のわずらわしさがないためか、菌株の提供依頼の増加からもわかる
ように多くの研究者がマイクロバイオームの研究分野に参入してきており、ヒ
ト微生物叢の研究は今花盛りです。ヒト腸内の微生物のその多くがこれまでに
未培養あるいは未同定の微生物（難培養微生物）であるということは、今日で
は周知の事実です。ヒト微生物叢の研究をこれまで以上に発展させるためには、
難培養性の微生物を種ごとに分離・培養し、微生物の本質を理解することが重
要であると思われます。2012年以降、"カルチャロミクス"（culturomics）
という手法の導入で微生物の分離・培養の分野は活気を取り戻しています。
"カルチャロミクス"とは複数の培養条件を用いて解析する培養手法で、フラン
スの研究グループはこの方法を用いて数多くの新種候補を分離しています。当
施設でもこれまでに宿主と健康との関連性が注目されているAkkermansia
muciniphilaのようなユニークな既知種とともに数多くの新種を分離していま
す。これらのヒト腸内から分離された微生物株は既に公開されており、当該株
を利用したさらなる研究の進展が期待されます。
参考文献
Sakamoto et al. 2017. Faecalimonas umbilicata gen. nov., sp. nov.,
isolated from human faeces, and reclassification of Eubacterium
contortum, Eubacterium fissicatena and Clostridium oroticum as
Faecalicatena contorta gen. nov., comb. nov., Faecalicatena
fissicatena comb. nov. and Faecalicatena orotica comb. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 67: 1219-1227.
DOI: 10.1099/ijsem.0.001790
Sakamoto et al. 2018a. Parolsenella catena gen. nov., sp. nov.,
isolated from human faeces.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 68: 1165-1172.
DOI: 10.1099/ijsem.0.002645
Sakamoto et al. 2018b. Lawsonibacter asaccharolyticus gen. nov., sp.
nov., a butyrate-producing bacterium isolated from human faeces.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 68: 2074-2081.
DOI: 10.1099/ijsem.0.002800
Sakamoto et al. 2018c. Mesosutterella multiformis gen. nov., sp. nov.,
a member of the family Sutterellaceae and Sutterella megalosphaeroides
sp. nov., isolated from human faeces.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 68: 3942-3950.
DOI: 10.1099/ijsem.0.003096
Sakamoto et al. 2020a. Alistipes communis sp. nov., Alistipes dispar
sp. nov. and Alistipes onderdonkii subsp. vulgaris subsp. nov.,
isolated from human faeces, and creation of Alistipes onderdonkii
subsp. onderdonkii subsp. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 70: 473-480.
DOI: 10.1099/ijsem.0.003778
Sakamoto et al. 2020b. Dialister hominis sp. nov. isolated from human
faeces.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 70: 589-595.
DOI: 10.1099/ijsem.0.003797
Ikeyama et al. 2020. Amedibacterium intestinale gen. nov., sp. nov.,
isolated from human faeces, and reclassification of Eubacterium
dolichum Moore et al. 1976 (Approved Lists 1980) as Amedibacillus
dolichus gen. nov., comb. nov.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 70: 3656-3664.
DOI: 10.1099/ijsem.0.004215
坂本 光央（嫌気性細菌および乳酸菌担当）
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┃ 新規公開微生物株（2021年2月-2021年3月公開）
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細菌
Acidithiobacillus ferrooxidans JCM 39165
Acinetobacter lanii JCM 33607 Type strain
"Acinetobacter mesopotamicus" JCM 31073 Proposed type strain
"Acinetobacter pullicarnis" JCM 33150 Proposed type strain
"Acinetobacter pullorum" JCM 33942 Proposed type strain
Acinetobacter shaoyimingii JCM 33608 Type strain
Acinetobacter wanghuae JCM 33592 Type strain
"Alkaliphilus pronyensis" JCM 30644 Proposed type strain
"Alkaliphilus serpentinus" JCM 30643 Proposed type strain
"Anaerococcus porci" JCM 34364 Proposed type strain
"Anaerovibrio slackiae" JCM 34377 Proposed type strain
"Arthrobacter crusticola" JCM 33723 Proposed type strain
Arthrobacter mobilis JCM 33392 Type strain
Arthrobacter yangruifuii JCM 33491 Type strain
Arthrobacter zhaoguopingii JCM 33841 Type strain
"Bacillus telluris" JCM 33017 Proposed type strain
"Baileyella intestinalis" JCM 34418 Proposed type strain
"Berryella intestinalis" JCM 34389 Proposed type strain
Bifidobacterium merycicum JCM 34115
Bifidobacterium pseudolongum subsp. JCM 34113
globosum
Bifidobacterium ruminantium JCM 34114
"Bilifractor porci" JCM 34419 Proposed type strain
Blautia caecimuris JCM 34498 Type strain
Brevibacterium profundi JCM 33845 Type strain
"Bullifex porci" JCM 34393 Proposed type strain
Cerasibacillus terrae JCM 33498 Type strain
Chitiniphilus eburneus JCM 34322 Type strain
Clostridium fessum JCM 32258 Type strain
"Clostridium porci" JCM 34385 Proposed type strain
"Cutibacterium porci" JCM 34386 Proposed type strain
"Desulfovibrio porci" JCM 34370 Proposed type strain
"Dyadobacter luteus" JCM 32940 Proposed type strain
"Eisenbergiella porci" JCM 34365 Proposed type strain
Ferrimonas lipolytica JCM 33793 Type strain
Flagellimonas algicola JCM 32942 Type strain
"Flaviaesturariibacter flavus" JCM 33179 Proposed type strain
"Flavihumibacter soli" JCM 33473 Proposed type strain
"Floccifex porci" JCM 34421 Proposed type strain
"Geomonas soli" JCM 32971 Proposed type strain
"Georgenia faecalis" JCM 33470 Proposed type strain
Gluconobacter frateurii JCM 25109
Gluconobacter frateurii JCM 25110
Gluconobacter frateurii JCM 25111
Gluconobacter frateurii JCM 25112
"Hallerella porci" JCM 34277 Proposed type strain
"Hallerella succinigenes" JCM 34256 Proposed type strain
Halomonas icarae JCM 33602 Type strain
Halovulum marinum JCM 32611 Type strain
Hansschlegelia quercus JCM 33463 Type strain
"Helicobacter delphinicola" JCM 32789 Proposed type strain
"Helicobacter delphinicola" JCM 32790
"Helicobacter delphinicola" JCM 32791
"Helicobacter delphinicola" JCM 32792
"Holdemanella porci" JCM 34391 Proposed type strain
"Hornefia butyriciproducens" JCM 34390 Proposed type strain
"Hornefia porci" JCM 34388 Proposed type strain
"Hydrogenimonas urashimensis" JCM 19825 Proposed type strain
"Hymenobacter baengnokdamensis" JCM 33837 Proposed type strain
"Hymenobacter lutimineralis" JCM 33444 Proposed type strain
"Inconstantimicrobium porci" JCM 34424 Proposed type strain
Jiella pacifica JCM 33903 Type strain
Jinshanibacter xujianqingii JCM 33490 Type strain
Jinshanibacter zhutongyuii JCM 33489 Type strain
Lacisediminihabitans profunda JCM 32673 Type strain
"Lentibacillus cibarius" JCM 33390 Proposed type strain
"Lentibacillus cibarius" JCM 33391
"Lentzea indica" JCM 33729 Proposed type strain
Levilactobacillus brevis JCM 34252
"Luteimonas granuli" JCM 18203 Proposed type strain
Methylocystis sp. JCM 32772
Methylocystis sp. JCM 32774
"Methylolobus aquaticus" JCM 33786
Methylosinus sp. JCM 32771
Microlunatus elymi JCM 32702 Type strain
"Mobiluncus porci" JCM 34379 Proposed type strain
"Mogibacterium kristiansenii" JCM 34371 Proposed type strain
Muricauda ochracea JCM 33817 Type strain
Mycoavidus sp. JCM 33615
Nocardia aurantiaca JCM 33775 Type strain
"Nonomuraea terrae" JCM 33876 Proposed type strain
"Oliverpabstia intestinalis" JCM 34394 Proposed type strain
"Olsenella porci" JCM 34369 Proposed type strain
Paenibacillus algicola JCM 32683 Type strain
"Paenibacillus oralis" JCM 33462 Proposed type strain
"Paraburkholderia panacisoli" JCM 32098 Proposed type strain
"Paraclostridium dentum" JCM 32760 Proposed type strain
Paraflavitalea soli JCM 33061 Type strain
Patiriisocius marinistellae JCM 33344 Type strain
"Peptoniphilus porci" JCM 34366 Proposed type strain
"Peptostreptococcus porci" JCM 34372 Proposed type strain
"Persephonella atlantica" JCM 34026 Proposed type strain
"Porcincola intestinalis" JCM 34417 Proposed type strain
Poseidonibacter parvus JCM 31548 Type strain
"Prevotella mizrahii" JCM 34422 Proposed type strain
Pseudarthrobacter psychrotolerans JCM 33881 Type strain
Pseudomonas nicosulfuronedens JCM 33860 Type strain
"Pseudoramibacter porci" JCM 34374 Proposed type strain
"Pyramidobacter porci" JCM 34368 Proposed type strain
Radiobacillus deserti JCM 33497 Type strain
"Rheinheimera pleomorphica" JCM 30460 Proposed type strain
"Roseburia porci" JCM 34376 Proposed type strain
"Scrofimicrobium canadense" JCM 34392 Proposed type strain
Secundilactobacillus folii JCM 34223 Type strain
"Selenomonas montiformis" JCM 34373 Proposed type strain
"Sharpea porci" JCM 34378 Proposed type strain
Shewanella vesiculosa JCM 33296
"Shimazuella alba" JCM 33532 Proposed type strain
"Stecheria intestinalis" JCM 34426 Proposed type strain
"Steroidobacter agaridevorans" JCM 33367
"Steroidobacter agaridevorans" JCM 33368 Proposed type strain
Streptomyces broussonetiae JCM 33918 Type strain
Streptomyces fagopyri JCM 33796 Type strain
"Streptomyces soli" JCM 32822 Proposed type strain
"Suipraeoptans intestinalis" JCM 34387 Proposed type strain
Terrilactibacillus tamarindi JCM 33748 Type strain
Thauera sinicae JCM 34237 Type strain
"Tissierella pigra" JCM 34367 Proposed type strain
Veillonella nakazawae JCM 33966 Type strain
"Velocimicrobium porci" JCM 34420 Proposed type strain
"Vibrio taketomensis" JCM 33434 Proposed type strain
"Victivallis lenta" JCM 34375 Proposed type strain
アーキア
Methanosarcina mazei JCM 31898
Natronorubrum halophilum JCM 30845 Type strain
Salinadaptatus halalkaliphilus JCM 33751 Type strain
真菌
Bullera sakaeratica JCM 11900 Type strain
Debaryomyces hansenii JCM 2212
Pleurotus sp. JCM 17959
Schizophyllum commune JCM 22617
Unidentified yeast JCM 24555
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry.jcm@riken.jp
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2021年4月1日
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