オンラインカタログ

 学名検索1
 属名:
 種名:
    例1: 属名 = Micromonospora
例2: 種名 = aurantiaca
例3: 属名 = %monospo, 種名 = %ensis
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 学名検索2
   学名:
    例1: 学名 = Micromonospora chalcea
例2: 学名 = Lactobacillus paracasei subsp. paracasei
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 JCM番号検索
   JCM番号:
    例: JCM = 12345 (完全一致検索)

 他保存機関番号検索
 機関名略称:
 番号:
    例1: 機関名略称 = DSM, 番号 = 43067
例2: 機関名略称 = VKM, 番号 = Ac-636
(完全一致検索。大文字・小文字は区別されます)

 菌株データ検索
   キーワード:
    例: キーワード = genome sequence
(部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

 培地検索
 JCM培地番号:
 培地名:
    例1: JCM培地番号 = 58
例2: 培地名 = malt extract
(JCM培地番号は完全一致検索、培地名は部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

JCM Mail News No. 111


**********************************************************************
RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
                JCM Mail News (電子メール版) No. 111
**********************************************************************

    理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室(JCM)
    が公開している微生物等の最新情報をお届けします。

━━━━  目  次  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 ● バイオリソース研究センター 2019年度一般公開のお知らせ
 ● Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain 
    sequencing projectにおけるWDCMとの協力について
 ● プレスリリース「難培養アーキア(古細菌)の分離培養に成功」
 ● リソース紹介「海底下生命圏から分離された微生物株について」
 ● 新規公開微生物株(2019年4月-2019年5月公開)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  バイオリソース研究センター 2019年度一般公開のお知らせ
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
「理化学研究所 筑波地区 バイオリソース研究センター 2019年度一般公開」
を以下の日程で開催いたします。皆様のご来場をお待ちしております。

 日時: 8月3日 (土)、10:00~16:30
 概要: http://rtcweb.rtc.riken.jp/opencampus/opencampus_2019_01.pdf
 詳細: 6月下旬頃に以下のホームページでお知らせいたします。
        http://rtcweb.rtc.riken.jp/

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain
┃  sequencing projectにおけるWDCMとの協力について
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
(IJSEM)は、2018年度以降、細菌・アーキアの新たな分類群を記載する際には
ゲノムシークエンスデータを加えることを要求しています。一方、World Data
Center for Microorganisms (WDCM)とWorld Federation for Culture
Collections (WFCC)ではゲノムシークエンシングが困難な著者については無償
でシークエンシングを行うサービスを開始しました。

このサービスを受けるためには、著者はWDCMのゲノムシークエンシングサービ
スに協力するコレクションの少なくとも一つに当該菌株を寄託するとともに、
自身でWDCMにDNA試料を送る必要性があります。JCMはこの協力コレクションの
ひとつとして登録されています。

詳細については下記websiteまたは論文をご覧下さい。

[Microbiology Society website]
https://microbiologysociety.org/news/society-news/new-collaboration-between-the-i-international-journal-of-systematic-and-evolutionary-microbiology-i-and-the-world-data-center-for-microorganisms.html

[IJSEM article]
https://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.003276

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  プレスリリース「難培養アーキア(古細菌)の分離培養に成功」
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
微生物材料開発室(JCM)の加藤真悟開発研究員、伊藤隆専任研究員、雪真弘
開発研究員、大熊盛也室長らの共同研究グループは、系統学的に極めて新規性
の高い好熱性難培養アーキア Conexivisphaera calidus NAS-02株(=JCM 31663)
の分離培養に成功し、そのアーキアの代謝機能を明らかにしました。本研究は、
英国の科学雑誌『The ISME Journal』のオンライン版(6月6日付け)に掲載さ
れました。

理研プレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2019/20190611_1/

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  リソース紹介「海底下生命圏から分離された微生物株について」
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
近年、国際深海掘削計画(ODP)やその後の統合国際深海掘削計画(IODP)が
展開され、これまで未踏の地であった海底下生命圏の一端が明らかにされてき
ました。それに伴って、海底下に生息していた微生物群も少しずつ分離培養さ
れるようになってきました。一例としてバルト海の海底下12〜57 mの堆積物か
らは、胞子形成グラム様性細菌であるFirmicutes門の新属Marinisporobacter
やDesulfosporosinus属の新種(文献1)、あるいはBacteroidetes門の新属
Labilibaculum(文献2)が分離されています。また、下北半島沖の海底地下
2 kmのコアサンプルからは、DHS (down-flow hanging sponge)リアクターでの
集積培養を経ることによってメタン生成アーキアやその他の嫌気性細菌が分離
されています(文献3)。こうした微生物株は海底下生命圏におけるライフス
タイルや物質循環を解明するためにも有用なリソースと考えられます。JCMで
はこれらの海底下生命圏から分離された菌株を公開しています。

文献
1. Vandieken V. et al. Marinisporobacter balticus gen. nov., sp. nov.,
   Desulfosporosinus nitroreducens sp. nov. and Desulfosporosinus
   fructosivorans sp. nov., new spore-forming bacteria isolated from
   subsurface sediments of the Baltic Sea.
   Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 67: 1887-1893, 2017.
   DOI: 10.1099/ijsem.0.001883
2. Vandieken, V. et al. Labilibaculum manganireducens gen. nov., sp. 
   nov. and Labilibaculum filiforme sp. nov., novel Bacteroidetes
   isolated from subsurface sediments of the Baltic Sea. Front.
   Microbiol. 8: 2614, 2018. DOI: 10.3389/fmicb.2017.02614.
3. Imachi, H. et al. Cultivable microbial community in 2-km-deep,
   20-million-year-old subseafloor coalbeds through ~1000 days
   anaerobic bioreactor cultivation.
   Sci. Rep. 9: 2305, 2019. DOI: 10.1038/s41598-019-38754-w.

公開菌株
Labilibaculum filiforme JCM 31099, JCM 31101(T), JCM 31102
Labilibaculum manganireducens JCM 31100(T)
Marinisporobacter balticus JCM 31103(T)
Desulfosporosinus nitroreducens JCM 31104, JCM 31105(T)
Desulfosporosinus fructosivorans JCM 31106(T)
Unidentified bacterium (Division Tenericutes) JCM 31639
Methanobacterium sp. JCM 32063
Tepidibacter sp. JCM 32064

(伊藤 隆・加藤真悟 アーキア・極限環境細菌担当)

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  新規公開微生物株(2019年4月-2019年5月公開)
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
細菌
Acinetobacter sp.                      JCM 16460
Acinetobacter sp.                      JCM 16461
Acinetobacter sp.                      JCM 16462
Acinetobacter sp.                      JCM 16489
Acinetobacter sp.                      JCM 16490
Acinetobacter sp.                      JCM 16491
Actinomadura deserti                   JCM 33401  Type strain
Actinophytocola glycyrrhizae           JCM 33402  Type strain
Aestuariibaculum marinum               JCM 31725  Type strain
Aggregatilinea lenta                   JCM 32065  Type strain
Altererythrobacter sp.                 JCM 16451
Bacillus aciditolerans                 JCM 32973  Type strain
Bacillus salacetis                     JCM 33205  Type strain
Bacillus sp.                           JCM 32767
Bacillus tequilensis                   JCM 31513
Bacillus tequilensis                   JCM 31514
"Bifidobacterium aemilianum"           JCM 33373  Proposed type strain
Bifidobacterium callimiconis           JCM 33352  Type strain
Bifidobacterium castoris               JCM 33351  Type strain
Bifidobacterium dolichotidis           JCM 33355  Type strain
"Bifidobacterium felsineum."           JCM 31789  Proposed type strain
Bifidobacterium goeldii                JCM 33353  Type strain
"Bifidobacterium primatium"            JCM 30945  Proposed type strain
Bifidobacterium samirii                JCM 33354  Type strain
"Bifidobacterium scaligerum"           JCM 31792  Proposed type strain
"Bifidobacterium simiarum"             JCM 31793  Proposed type strain
"Bifidobacterium xylocopae"            JCM 33372  Proposed type strain
Bizionia sp.                           JCM 16446
Brachybacterium endophyticum           JCM 33403  Type strain
"Bradyrhizobium nitroreducens"         JCM 18858  Proposed type strain
Brevibacillus brevis                   JCM 31516
Brevibacillus brevis                   JCM 31517
Brevibacillus brevis                   JCM 31518
Brevundimonas sp.                      JCM 16450
"Burkholderia alba"                    JCM 32403  Proposed type strain
Butyricicoccus sp.                     JCM 32524
Butyrivibrio sp.                       JCM 32525
Capnocytophaga canis                   JCM 31246
Chryseobacterium phosphatilyticum      JCM 32876  Type strain
Chryseobacterium sp.                   JCM 16079
Clostridium fermenticellae             JCM 32827  Type strain
Clostridium indicum                    JCM 32788  Type strain
"Corallibacterium pacifica"            JCM 32252  Proposed type strain
Desertactinospora gelatinilytica       JCM 32585  Type strain
"Edaphorhabdus rosea"                  JCM 32366  Proposed type strain
Eubacterium sp.                        JCM 32527
Falsochrobactrum shanghaiense          JCM 32785  Type strain
Flavobacterium aquimarinum             JCM 31930  Type strain
Flavonifractor sp.                     JCM 32521
Formosa sp.                            JCM 16447
"Fusobacterium pseudoperiodonticum"    JCM 33009  Proposed type strain
Gaetbulibacter sp.                     JCM 16524
Gluconobacter cerinus                  JCM 25108  Type strain
Herbivorax saccincola                  JCM 31827
"Hymenobacter daejeonensis"            JCM 31885  Proposed type strain
"Hymenobacter daejeonensis"            JCM 31886
Hymenobacter pomorum                   JCM 32193  Type strain
Jiangella rhizosphaerae                JCM 32551  Type strain
Lactobacillus acetotolerans            JCM 33214
Lactobacillus micheneri                JCM 33323  Type strain
Lactobacillus quenuiae                 JCM 33324  Type strain
Lactobacillus salitolerans             JCM 31331  Type strain
Lactobacillus timberlakei              JCM 33325  Type strain
"Leptospira ellinghausenii"            JCM 32516  Proposed type strain
"Leptospira johnsonii"                 JCM 32515  Proposed type strain
"Leptospira ryugenii"                  JCM 32518  Proposed type strain
Listeria monocytogenes                 JCM 32892  Type strain
Longibaculum sp.                       JCM 32526
Lucifera butyrica                      JCM 19373  Type strain
"Luteimonas dalianensis"               JCM 18136  Proposed type strain
"Lysobacter panacihumi"                JCM 32168  Proposed type strain
"Lysobacter pedocola"                  JCM 31020  Proposed type strain
Lysobacter sp.                         JCM 16604
Marinomonas piezotolerans              JCM 32821  Type strain
"Methylobacillus caricis"              JCM 32031  Proposed type strain
Methylophaga muralis                   JCM 31520
"Methylophilus aquaticus"              JCM 32032  Proposed type strain
Micromonospora caldifontis             JCM 17126  Type strain
Mucilaginibacter sp.                   JCM 16600
Mucilaginibacter sp.                   JCM 16602
Myroides sp.                           JCM 16589
Niabella sp.                           JCM 16599
Olsenella sp.                          JCM 32523
Oscillibacter sp.                      JCM 32522
"Paenibacillus maysiensis"             JCM 31028  Proposed type strain
"Paraburkholderia panacihumi"          JCM 32099  Proposed type strain
Photobacterium chitinilyticum          JCM 32689  Type strain
Planomicrobium flavidum                JCM 31737
Pontibacter sp.                        JCM 16563
Pontibacter sp.                        JCM 16564
Pradoshia eiseniae                     JCM 32460  Type strain
Profundibacter amoris                  JCM 31874  Type strain
Pseudidiomarina sp.                    JCM 16452
Pseudoflavonifractor sp.               JCM 32528
Pseudomonas asiatica                   JCM 32716  Type strain
"Rhodanobacter ginsengiterrae"         JCM 32167  Proposed type strain
Rubrobacter indicoceani                JCM 33406  Type strain
Serinicoccus sp.                       JCM 31502
Slackia sp.                            JCM 32529
Sphaerisporangium dianthi              JCM 33407  Type strain
Streptomyces cadmiisoli                JCM 32897  Type strain
Streptomyces fodineus                  JCM 32404  Type strain
Streptomyces sp.                       JCM 31288
Streptosporangium corydalis            JCM 33408  Type strain
Streptosporangium lutulentum           JCM 33409  Type strain
Subtercola lobariae                    JCM 33410  Type strain
Thalassococcus profundi                JCM 31873  Type strain
"Uliginosibacterium sangjuense"        JCM 31375  Proposed type strain
Zavarzinia aquatilis                   JCM 32263  Type strain
"Zunongwangia flava"                   JCM 32262  Proposed type strain

アーキア
"Conexivisphaera calidus"              JCM 31663
Halococcoides cellulosivorans          JCM 31941  Type strain
Methanofervidicoccus abyssi            JCM 32161  Type strain
"Natrachaeobius chitinivorans"         JCM 32476  Proposed type strain
"Natrarchaeobius halalkaliphilus"      JCM 32477  Proposed type strain

真菌
Endocalyx melanoxanthus var. grossus   JCM 32411
Endocalyx melanoxanthus var. grossus   JCM 32997
Endocalyx melanoxanthus var. grossus   JCM 32998
Endocalyx melanoxanthus var. grossus   JCM 33339
Hypomyces cervinigenus                 JCM 19980
Hypomyces cervinigenus                 JCM 19981
Hypomyces cervinigenus                 JCM 19982
Hypomyces stephanomatis                JCM 19978
Hypomyces stephanomatis                JCM 19979

詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue

------------------------
※ メールでの情報提供受信を中止されたい場合は、微生物材料開発室
(inquiry.jcm@riken.jp)まで「メールニュース不要」の旨をご連絡ください。
※ 当メールへのご質問などは、微生物材料開発室(inquiry.jcm@riken.jp)
までお送りください。
※ 当メールニュース受信者各位機関のサーバーメンテナンス等によりメール
ニュースをお届けできない場合でも、メールニュースの再発行は行いません。
発行済みのメールニュースは当開発室のWebサイトで公開しておりますので
そちらをご覧ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/mailnews
※ 本メールに記載された内容は予告することなく変更することがあります。
※ 本メールに掲載された記事を許可なく複製・転載することを禁止します。
_____________________________________________
発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry.jcm@riken.jp
https://jcm.brc.riken.jp/ja/
2019年6月17日
_____________________________________________