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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 111
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● バイオリソース研究センター 2019年度一般公開のお知らせ
● Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain
sequencing projectにおけるWDCMとの協力について
● プレスリリース「難培養アーキア（古細菌）の分離培養に成功」
● リソース紹介「海底下生命圏から分離された微生物株について」
● 新規公開微生物株（2019年4月-2019年5月公開）
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┃ バイオリソース研究センター 2019年度一般公開のお知らせ
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「理化学研究所 筑波地区 バイオリソース研究センター 2019年度一般公開」
を以下の日程で開催いたします。皆様のご来場をお待ちしております。
日時： 8月3日 (土)、10:00～16:30
概要： http://rtcweb.rtc.riken.jp/opencampus/opencampus_2019_01.pdf
詳細： 6月下旬頃に以下のホームページでお知らせいたします。
http://rtcweb.rtc.riken.jp/
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┃ Global Catalogue of Microorganisms (GCM) 10K type strain
┃ sequencing projectにおけるWDCMとの協力について
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International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
(IJSEM)は、2018年度以降、細菌・アーキアの新たな分類群を記載する際には
ゲノムシークエンスデータを加えることを要求しています。一方、World Data
Center for Microorganisms (WDCM)とWorld Federation for Culture
Collections (WFCC)ではゲノムシークエンシングが困難な著者については無償
でシークエンシングを行うサービスを開始しました。
このサービスを受けるためには、著者はWDCMのゲノムシークエンシングサービ
スに協力するコレクションの少なくとも一つに当該菌株を寄託するとともに、
自身でWDCMにDNA試料を送る必要性があります。JCMはこの協力コレクションの
ひとつとして登録されています。
詳細については下記websiteまたは論文をご覧下さい。
[Microbiology Society website]
https://microbiologysociety.org/news/society-news/new-collaboration-between-the-i-international-journal-of-systematic-and-evolutionary-microbiology-i-and-the-world-data-center-for-microorganisms.html
[IJSEM article]
https://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.003276
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┃ プレスリリース「難培養アーキア（古細菌）の分離培養に成功」
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微生物材料開発室（JCM）の加藤真悟開発研究員、伊藤隆専任研究員、雪真弘
開発研究員、大熊盛也室長らの共同研究グループは、系統学的に極めて新規性
の高い好熱性難培養アーキア Conexivisphaera calidus NAS-02株(=JCM 31663)
の分離培養に成功し、そのアーキアの代謝機能を明らかにしました。本研究は、
英国の科学雑誌『The ISME Journal』のオンライン版（6月6日付け）に掲載さ
れました。
理研プレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2019/20190611_1/
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┃ リソース紹介「海底下生命圏から分離された微生物株について」
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近年、国際深海掘削計画（ODP）やその後の統合国際深海掘削計画（IODP）が
展開され、これまで未踏の地であった海底下生命圏の一端が明らかにされてき
ました。それに伴って、海底下に生息していた微生物群も少しずつ分離培養さ
れるようになってきました。一例としてバルト海の海底下12〜57 mの堆積物か
らは、胞子形成グラム様性細菌であるFirmicutes門の新属Marinisporobacter
やDesulfosporosinus属の新種（文献1）、あるいはBacteroidetes門の新属
Labilibaculum（文献2）が分離されています。また、下北半島沖の海底地下
2 kmのコアサンプルからは、DHS (down-flow hanging sponge)リアクターでの
集積培養を経ることによってメタン生成アーキアやその他の嫌気性細菌が分離
されています（文献3）。こうした微生物株は海底下生命圏におけるライフス
タイルや物質循環を解明するためにも有用なリソースと考えられます。JCMで
はこれらの海底下生命圏から分離された菌株を公開しています。
文献
1. Vandieken V. et al. Marinisporobacter balticus gen. nov., sp. nov.,
Desulfosporosinus nitroreducens sp. nov. and Desulfosporosinus
fructosivorans sp. nov., new spore-forming bacteria isolated from
subsurface sediments of the Baltic Sea.
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 67: 1887-1893, 2017.
DOI: 10.1099/ijsem.0.001883
2. Vandieken, V. et al. Labilibaculum manganireducens gen. nov., sp.
nov. and Labilibaculum filiforme sp. nov., novel Bacteroidetes
isolated from subsurface sediments of the Baltic Sea. Front.
Microbiol. 8: 2614, 2018. DOI: 10.3389/fmicb.2017.02614.
3. Imachi, H. et al. Cultivable microbial community in 2-km-deep,
20-million-year-old subseafloor coalbeds through ~1000 days
anaerobic bioreactor cultivation.
Sci. Rep. 9: 2305, 2019. DOI: 10.1038/s41598-019-38754-w.
公開菌株
Labilibaculum filiforme JCM 31099, JCM 31101(T), JCM 31102
Labilibaculum manganireducens JCM 31100(T)
Marinisporobacter balticus JCM 31103(T)
Desulfosporosinus nitroreducens JCM 31104, JCM 31105(T)
Desulfosporosinus fructosivorans JCM 31106(T)
Unidentified bacterium (Division Tenericutes) JCM 31639
Methanobacterium sp. JCM 32063
Tepidibacter sp. JCM 32064
（伊藤 隆・加藤真悟 アーキア・極限環境細菌担当）
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┃ 新規公開微生物株（2019年4月-2019年5月公開）
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細菌
Acinetobacter sp. JCM 16460
Acinetobacter sp. JCM 16461
Acinetobacter sp. JCM 16462
Acinetobacter sp. JCM 16489
Acinetobacter sp. JCM 16490
Acinetobacter sp. JCM 16491
Actinomadura deserti JCM 33401 Type strain
Actinophytocola glycyrrhizae JCM 33402 Type strain
Aestuariibaculum marinum JCM 31725 Type strain
Aggregatilinea lenta JCM 32065 Type strain
Altererythrobacter sp. JCM 16451
Bacillus aciditolerans JCM 32973 Type strain
Bacillus salacetis JCM 33205 Type strain
Bacillus sp. JCM 32767
Bacillus tequilensis JCM 31513
Bacillus tequilensis JCM 31514
"Bifidobacterium aemilianum" JCM 33373 Proposed type strain
Bifidobacterium callimiconis JCM 33352 Type strain
Bifidobacterium castoris JCM 33351 Type strain
Bifidobacterium dolichotidis JCM 33355 Type strain
"Bifidobacterium felsineum." JCM 31789 Proposed type strain
Bifidobacterium goeldii JCM 33353 Type strain
"Bifidobacterium primatium" JCM 30945 Proposed type strain
Bifidobacterium samirii JCM 33354 Type strain
"Bifidobacterium scaligerum" JCM 31792 Proposed type strain
"Bifidobacterium simiarum" JCM 31793 Proposed type strain
"Bifidobacterium xylocopae" JCM 33372 Proposed type strain
Bizionia sp. JCM 16446
Brachybacterium endophyticum JCM 33403 Type strain
"Bradyrhizobium nitroreducens" JCM 18858 Proposed type strain
Brevibacillus brevis JCM 31516
Brevibacillus brevis JCM 31517
Brevibacillus brevis JCM 31518
Brevundimonas sp. JCM 16450
"Burkholderia alba" JCM 32403 Proposed type strain
Butyricicoccus sp. JCM 32524
Butyrivibrio sp. JCM 32525
Capnocytophaga canis JCM 31246
Chryseobacterium phosphatilyticum JCM 32876 Type strain
Chryseobacterium sp. JCM 16079
Clostridium fermenticellae JCM 32827 Type strain
Clostridium indicum JCM 32788 Type strain
"Corallibacterium pacifica" JCM 32252 Proposed type strain
Desertactinospora gelatinilytica JCM 32585 Type strain
"Edaphorhabdus rosea" JCM 32366 Proposed type strain
Eubacterium sp. JCM 32527
Falsochrobactrum shanghaiense JCM 32785 Type strain
Flavobacterium aquimarinum JCM 31930 Type strain
Flavonifractor sp. JCM 32521
Formosa sp. JCM 16447
"Fusobacterium pseudoperiodonticum" JCM 33009 Proposed type strain
Gaetbulibacter sp. JCM 16524
Gluconobacter cerinus JCM 25108 Type strain
Herbivorax saccincola JCM 31827
"Hymenobacter daejeonensis" JCM 31885 Proposed type strain
"Hymenobacter daejeonensis" JCM 31886
Hymenobacter pomorum JCM 32193 Type strain
Jiangella rhizosphaerae JCM 32551 Type strain
Lactobacillus acetotolerans JCM 33214
Lactobacillus micheneri JCM 33323 Type strain
Lactobacillus quenuiae JCM 33324 Type strain
Lactobacillus salitolerans JCM 31331 Type strain
Lactobacillus timberlakei JCM 33325 Type strain
"Leptospira ellinghausenii" JCM 32516 Proposed type strain
"Leptospira johnsonii" JCM 32515 Proposed type strain
"Leptospira ryugenii" JCM 32518 Proposed type strain
Listeria monocytogenes JCM 32892 Type strain
Longibaculum sp. JCM 32526
Lucifera butyrica JCM 19373 Type strain
"Luteimonas dalianensis" JCM 18136 Proposed type strain
"Lysobacter panacihumi" JCM 32168 Proposed type strain
"Lysobacter pedocola" JCM 31020 Proposed type strain
Lysobacter sp. JCM 16604
Marinomonas piezotolerans JCM 32821 Type strain
"Methylobacillus caricis" JCM 32031 Proposed type strain
Methylophaga muralis JCM 31520
"Methylophilus aquaticus" JCM 32032 Proposed type strain
Micromonospora caldifontis JCM 17126 Type strain
Mucilaginibacter sp. JCM 16600
Mucilaginibacter sp. JCM 16602
Myroides sp. JCM 16589
Niabella sp. JCM 16599
Olsenella sp. JCM 32523
Oscillibacter sp. JCM 32522
"Paenibacillus maysiensis" JCM 31028 Proposed type strain
"Paraburkholderia panacihumi" JCM 32099 Proposed type strain
Photobacterium chitinilyticum JCM 32689 Type strain
Planomicrobium flavidum JCM 31737
Pontibacter sp. JCM 16563
Pontibacter sp. JCM 16564
Pradoshia eiseniae JCM 32460 Type strain
Profundibacter amoris JCM 31874 Type strain
Pseudidiomarina sp. JCM 16452
Pseudoflavonifractor sp. JCM 32528
Pseudomonas asiatica JCM 32716 Type strain
"Rhodanobacter ginsengiterrae" JCM 32167 Proposed type strain
Rubrobacter indicoceani JCM 33406 Type strain
Serinicoccus sp. JCM 31502
Slackia sp. JCM 32529
Sphaerisporangium dianthi JCM 33407 Type strain
Streptomyces cadmiisoli JCM 32897 Type strain
Streptomyces fodineus JCM 32404 Type strain
Streptomyces sp. JCM 31288
Streptosporangium corydalis JCM 33408 Type strain
Streptosporangium lutulentum JCM 33409 Type strain
Subtercola lobariae JCM 33410 Type strain
Thalassococcus profundi JCM 31873 Type strain
"Uliginosibacterium sangjuense" JCM 31375 Proposed type strain
Zavarzinia aquatilis JCM 32263 Type strain
"Zunongwangia flava" JCM 32262 Proposed type strain
アーキア
"Conexivisphaera calidus" JCM 31663
Halococcoides cellulosivorans JCM 31941 Type strain
Methanofervidicoccus abyssi JCM 32161 Type strain
"Natrachaeobius chitinivorans" JCM 32476 Proposed type strain
"Natrarchaeobius halalkaliphilus" JCM 32477 Proposed type strain
真菌
Endocalyx melanoxanthus var. grossus JCM 32411
Endocalyx melanoxanthus var. grossus JCM 32997
Endocalyx melanoxanthus var. grossus JCM 32998
Endocalyx melanoxanthus var. grossus JCM 33339
Hypomyces cervinigenus JCM 19980
Hypomyces cervinigenus JCM 19981
Hypomyces cervinigenus JCM 19982
Hypomyces stephanomatis JCM 19978
Hypomyces stephanomatis JCM 19979
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry.jcm@riken.jp
https://jcm.brc.riken.jp/ja/
2019年6月17日
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