JCM Mail News No. 56

*********************************************************
RIKEN BioResource Center - Japan Collection of Microorganisms
            JCM Mail News (電子メール版) No. 56
*********************************************************

独立行政法人 理化学研究所 バイオリソースセンター 微生物材料開発室(JCM)
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。

━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● 夏期一斉休業(平成23年8月22日~24日)のお知らせ
● 今月のリソース紹介「Acidithiobacillus ferrooxidans関連細菌の鉄酸化に
 関わる遺伝子の多様性」
● 新規公開微生物株(2011年6月公開)
● 被災地の研究者へのバイオリソース無償提供について
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  夏期一斉休業(平成23年8月22日~24日)のお知らせ
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 東日本大震災に伴う電力不足への対応として、理化学研究所では下記の期間、
一斉休業を実施いたすこととなりました(東北地方太平洋沖地震への対応
http://www.riken.jp/r-world/topics/110314/index.html)。バイオリソース
センターにおきましても、期間中を休業日として節電に協力することとし、バイ
オリソースの提供等にかかわる業務を休止させていただきます。
 ユーザーの皆様にはご不便をおかけいたしますが、ご理解とご協力の程、何卒
宜しくお願い申し上げます。

1. 一斉休業の期間: 平成23年8月22日(月)より24日(水)の3日間
2. 停止する業務
    ・ 電話、メールでのお問合せへの対応
    ・ 期間中に受領したリソースの提供申込みへの対応
    ・ リソースの発送
    ・ 見積り書、請求書等の発送

尚、8月19日(金)まで、また8月25日(木)からは通常通り業務を行います。

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  今月のリソース紹介「Acidithiobacillus ferrooxidans関連細菌の
┃  鉄酸化に関わる遺伝子の多様性」
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 代表的な鉄酸化細菌である Acidithiobacillus ferrooxidans や A. ferrivorans
は、かつては1つの種(A. ferrooxidans)に含まれていたグループですが、第一鉄酸化
過程に関わるタンパク質を含む表現型の多様性に興味がもたれています。著者らはリボ
ゾーム遺伝子に加えて、atpD などのハウスキーピング遺伝子、および鉄代謝に関わる
HiPIPs というタンパク質の hip/iro ならびに rusA/B 遺伝子に基づく系統解析を行い、
供試株が4つのグループ (I, II, III,IV) に分かれることを示しました。グループ I と
II の株は rusA と hip を、一方、グループ III と IV の株は rusB と iro を有して
いることから、2つの全く異なる鉄酸化経路が A. ferrooxidansグ ループに存在したと
報告しています。

論文:
Amouric et al. (2011). Phylogenetic and genetic variation among
Fe(II)-oxidizing acidithiobacilli supports the view that these comprise
multiple species with different ferrous iron oxidation pathways.
Microbiology 157: 111-122.

本論文で使われているJCM株:
Acidithiobacillus ferrooxidans JCM 3865、JCM 7811、JCM 7812。尚、本論文
中で JCM 7811 には2つの異なる系統の株が含まれていたと述べられています。
このうち JCM 7811-P1 は JCM 17309 として公開しています。

また、論文で使用されている Acidithiobacillus ferrivorans DSM 22755 は JCM
にも寄託されており、JCM 15606 (Type strain) として公開しています。

高島昌子(リソース事業推進担当)

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  新規公開微生物株(2011年6月公開)
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
細菌
"Acidiferrobacter thiooxydans"           JCM 17358
Aciditerrimonas ferrireducens            JCM 15389  Type strain
Actinomyces oricola                      JCM 17565  Type strain
Agromyces bauzanensis                    JCM 17735  Type strain
Amycolicicoccus subflavus                JCM 17490  Type strain
Angustibacter luteus                     JCM 17683  Type strain
Arthrobacter alpinus                     JCM 17736  Type strain
Arthrobacter sp.                         JCM 17187
Atopobium parvulum                       JCM 1472
Bacillus cereus                          JCM 17690
Bifidobacterium ruminantium              JCM 8221
Burkholderia glathei                     JCM 10563  Type strain
Caldilinea tarbellica                    JCM 16120  Type strain
Catenibacterium mitsuokai                JCM 10606
Catenibacterium mitsuokai                JCM 10607
Catenibacterium mitsuokai                JCM 10608
Chryseobacterium ginsenosidimutans       JCM 16719  Type strain
Clostridium aminovalericum               JCM 1421   Type strain
Clostridium beijerinckii                 JCM 6287
Clostridium haemolyticum                 JCM 1402   Type strain
"Cohnella ferri"                         JCM 16139  Proposed type strain
Collinsella aerofaciens                  JCM 10772
Collinsella aerofaciens                  JCM 10773
Collinsella aerofaciens                  JCM 10774
Collinsella aerofaciens                  JCM 10777
Collinsella stercoris                    JCM 10642
Collinsella tanakaei                     JCM 16103
Comamonas sp.                            JCM 17496
Curtobacterium pusillum                  JCM 3881
Dactylosporangium luteum                 JCM 17685  Type strain
Deinococcus depolymerans                 JCM 14368  Type strain
Finegoldia magna                         JCM 1766   Type strain
Flavobacterium ginsenosidimutans         JCM 16720  Type strain
Fusobacterium varium                     JCM 6320   Type strain
"Hymenobacter antarcticus"               JCM 17220
Micromonospora rhizosphaerae             JCM 17737  Type strain
Mycobacterium chubuense                  JCM 17769
Nocardioides caricicola                  JCM 17686  Type strain
Pacificibacter maritimus                 JCM 17096  Type strain
Parabacteroides distasonis               JCM 1294
Peptoniphilus asaccharolyticus           JCM 1765   Type strain
Peptostreptococcus anaerobius            JCM 1769
Phycicoccus cremeus                      JCM 17739  Type strain
Polaribacter gangjinensis                JCM 16152  Type strain
Pseudomonas fluorescens                  JCM 17186
Pseudomonas sp.                          JCM 17188
Roseomonas sp.                           JCM 14634
Sphingobium sp.                          JCM 17495
Streptomyces hyderabadensis              JCM 17657  Type strain
Streptomyces osmaniensis                 JCM 17656  Type strain
"Streptosporangium oxazolinicum"         JCM 17388  Proposed type strain
Terrabacter aeriphilus                   JCM 17687  Type strain
Thiocapsa sp.                            JCM 15485
Tsukamurella soli                        JCM 17688  Type strain

アーキア
Methanobacterium kanagiense              JCM 15797  Type strain
Methanocaldococcus villosus              JCM 16315  Type strain

真菌
Bullera sp.                              JCM 13674
Bullera sp.                              JCM 13675
Bullera sp.                              JCM 13676
Bullera sp.                              JCM 13677
Bullera sp.                              JCM 13682
Bullera sp.                              JCM 13683
Bullera sp.                              JCM 13692
Bullera sp.                              JCM 13693
Bullera sp.                              JCM 13694
Bullera sp.                              JCM 13695
Bullera sp.                              JCM 13696
Bullera sp.                              JCM 13697
Bullera sp.                              JCM 13721
Bullera sp.                              JCM 13729
Bullera sp.                              JCM 13733
Bullera sp.                              JCM 13737
Bullera sp.                              JCM 13738
Bullera sp.                              JCM 13739
Bullera sp.                              JCM 13743
Bullera sp.                              JCM 13744
Bullera sp.                              JCM 13745
Bullera sp.                              JCM 13753
Bullera sp.                              JCM 13754
Bullera sp.                              JCM 13755
Bullera sp.                              JCM 13759
Bullera sp.                              JCM 13771
Bullera sp.                              JCM 13772
Bullera sp.                              JCM 13773
Bullera sp.                              JCM 13783
Bullera sp.                              JCM 13790
Bullera sp.                              JCM 13794
Bullera sp.                              JCM 13800
Bullera sp.                              JCM 13802
Bullera sp.                              JCM 13803
Bullera sp.                              JCM 13804
Bullera sp.                              JCM 13805
Candida guilliermondii                   JCM 17149
Candida krusei                           JCM 2990
Candida krusei                           JCM 2991
Candida krusei                           JCM 2992
Candida krusei                           JCM 2993
Candida krusei                           JCM 2995
Candida krusei                           JCM 2996
Candida krusei                           JCM 2998
Candida krusei                           JCM 3525
Candida krusei                           JCM 3528
Candida parapsilosis                     JCM 3569
Candida sorboxylosa                      JCM 3566
Candida sp.                              JCM 3527
Candida sp.                              JCM 3539
Candida sp.                              JCM 3543
Candida sp.                              JCM 3575
Candida sp.                              JCM 3581
Candida tropicalis                       JCM 3526
Candida tropicalis                       JCM 3534
Candida tropicalis                       JCM 3553
Geotrichum candidum                      JCM 2989
Geotrichum candidum                      JCM 2994
Kockovaella sp.                          JCM 13680
Kockovaella sp.                          JCM 13681
Kockovaella sp.                          JCM 13746
Kockovaella sp.                          JCM 13799
Lophiostoma sagittiforme                 JCM 15100  Ex-holotype strain
Pichia farinosa                          JCM 3578
Saccharomyces cerevisiae                 JCM 17248
Saccharomyces cerevisiae                 JCM 17249
Saccharomyces cerevisiae                 JCM 3530
Saccharomyces cerevisiae                 JCM 3533
Sporobolomyces sp.                       JCM 13678
Sporobolomyces sp.                       JCM 13679
Sporobolomyces sp.                       JCM 13686
Sporobolomyces sp.                       JCM 13687
Sporobolomyces sp.                       JCM 13688
Sporobolomyces sp.                       JCM 13689
Sporobolomyces sp.                       JCM 13690
Sporobolomyces sp.                       JCM 13691
Sporobolomyces sp.                       JCM 13698
Sporobolomyces sp.                       JCM 13699
Sporobolomyces sp.                       JCM 13700
Sporobolomyces sp.                       JCM 13702
Sporobolomyces sp.                       JCM 13724
Sporobolomyces sp.                       JCM 13730
Sporobolomyces sp.                       JCM 13734
Sporobolomyces sp.                       JCM 13741
Sporobolomyces sp.                       JCM 13742
Sporobolomyces sp.                       JCM 13749
Sporobolomyces sp.                       JCM 13750
Sporobolomyces sp.                       JCM 13751
Sporobolomyces sp.                       JCM 13756
Sporobolomyces sp.                       JCM 13761
Sporobolomyces sp.                       JCM 13762
Sporobolomyces sp.                       JCM 13764
Sporobolomyces sp.                       JCM 13765
Sporobolomyces sp.                       JCM 13766
Sporobolomyces sp.                       JCM 13767
Sporobolomyces sp.                       JCM 13768
Sporobolomyces sp.                       JCM 13775
Sporobolomyces sp.                       JCM 13778
Sporobolomyces sp.                       JCM 13779
Sporobolomyces sp.                       JCM 13781
Sporobolomyces sp.                       JCM 13786
Sporobolomyces sp.                       JCM 13787
Sporobolomyces sp.                       JCM 13788
Sporobolomyces sp.                       JCM 13791
Sporobolomyces sp.                       JCM 13792
Sporobolomyces sp.                       JCM 13796
Sporobolomyces sp.                       JCM 13797
Sporobolomyces sp.                       JCM 13806
Sporobolomyces sp.                       JCM 13807
Sporobolomyces sp.                       JCM 13809
Sporobolomyces sp.                       JCM 13810
Tilletiopsis sp.                         JCM 13752
Unidentified yeast                       JCM 13673
Unidentified yeast                       JCM 13684
Unidentified yeast                       JCM 13685
Unidentified yeast                       JCM 13701
Unidentified yeast                       JCM 13725
Unidentified yeast                       JCM 13736
Unidentified yeast                       JCM 13747
Unidentified yeast                       JCM 13748
Unidentified yeast                       JCM 13757
Unidentified yeast                       JCM 13758
Unidentified yeast                       JCM 13760
Unidentified yeast                       JCM 13777
Unidentified yeast                       JCM 13780
Unidentified yeast                       JCM 13785
Unidentified yeast                       JCM 13789
Unidentified yeast                       JCM 13793
Unidentified yeast                       JCM 13795
Unidentified yeast                       JCM 13798
Unidentified yeast                       JCM 13808

詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
http://www.jcm.riken.jp/JCM/catalogue_J.shtml

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  被災地の研究者へのバイオリソース無償提供について
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 東日本大震災の被災地の研究者の復興支援として、理化学研究所バイオリソー
スセンターでは、当センターが提供したバイオリソースの中で、震災で利用不可
能となったバイオリソースを無償にて再提供いたします。また、震災の影響のあ
った大学、研究機関、企業などで、当センターが保有するリソースをご希望の方
は 別途ご相談ください。

 対象: 震災の直接的な影響のあった地域にある大学、研究機関等。具体的に
 は政府が指定する災害指定地域(災害救助法適用地区、但し帰宅困難で指定さ
 れた東京都は除く)にある大学、研究機関等
http://www.mhlw.go.jp/stf/houdou/2r98520000014j2y.html
 受付期間: 平成23年4月20日から平成23年9月30日まで

詳細は以下のサイトをご覧ください。
http://www.jcm.riken.jp/JCM/shinsai.shtml

------------------------
※ メールでの情報提供受信を中止されたい場合は、微生物材料開発室
  (inquiry@jcm.riken.jp)まで「メールニュース不要」の旨をご連絡下さい。
※ 当メールへのご質問などは、微生物材料開発室(inquiry@jcm.riken.jp)
  までお送り下さい。
※ 当メールニュース受信者各位機関のサーバーメインテナンス等によりメール
  ニュースをお届けできない場合でも、メールニュースの再発行は行いません。
  発行済みのメールニュースは当開発室のwebサイトで公開しておりますので
  そちらをご覧下さい。
  http://www.jcm.riken.jp/JCM/mailnews.shtml
※ 本メールに記載された内容は予告することなく変更することがあります。
※ 本メールに掲載された記事を許可なく複製・転載することを禁止します。
_____________________________________________
発行
独立行政法人 理化学研究所 バイオリソースセンター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry@jcm.riken.jp
http://www.jcm.riken.jp/
2011年7月14日
_____________________________________________


コメントは受け付けていません。