オンラインカタログ

 学名検索1
 属名:
 種名:
    例1: 属名 = Micromonospora
例2: 種名 = aurantiaca
例3: 属名 = %monospo, 種名 = %ensis
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 学名検索2
   学名:
    例1: 学名 = Micromonospora chalcea
例2: 学名 = Lactobacillus paracasei subsp. paracasei
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 JCM番号検索
   JCM番号:
    例: JCM = 12345 (完全一致検索)

 他保存機関番号検索
 機関名略称:
 番号:
    例1: 機関名略称 = DSM, 番号 = 43067
例2: 機関名略称 = VKM, 番号 = Ac-636
(完全一致検索。大文字・小文字は区別されます)

 菌株データ検索
   キーワード:
    例: キーワード = genome sequence
(部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

 培地検索
 JCM培地番号:
 培地名:
    例1: JCM培地番号 = 58
例2: 培地名 = malt extract
(JCM培地番号は完全一致検索、培地名は部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

よくあるご質問(FAQ)

提供の FAQ JCM オンラインカタログについて 寄託・譲渡の FAQ
提供について
微生物ゲノムDNAの提供について

《提供の FAQ》

1.JCM オンラインカタログについて
Q.1 JCM オンラインカタログの利用について教えてください。
A.1 JCM オンラインカタログでは、微生物の学名、JCM 番号、国内外の他の保存機関番号、その他菌株データ(キーワード)で検索できます。学名検索は古い学名からも検索できるようになっています。他機関番号検索では、論文等で他の保存機関の番号を見つけた場合、その番号をもとに当該の株が JCM に保存されているかどうかを調べることが可能です。
Q.2 IAM カルチャーコレクションから移管された株のJCM番号の検索方法について教えてください。
A.2 IAM 番号からの検索は、「他保存機関番号検索」をご利用ください。現在公開中の株は、JCMに既存の株を除く 1,824 株(内訳は、放線菌類 80 株、その他の細菌 957 株、アーキア 6 株、酵母 102 株、糸状菌 679 株で、<http://jcm.brc.riken.jp/iam_info2> にリストがあります)です。JCM に既存の株の場合は、由来は同じですが IAM から移管されたものではない株が検索されます。
Q.3 バイオリソースセンターや微生物保存機関によってカビや酵母のtype strainの表記法が異なるのはなぜでしょうか?
A.3 菌類(キノコ、カビ、酵母の仲間)の命名に関しては、国際藻類・菌類・植物命名規約 (International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants, ICN) により定められています。細菌で使われている type strain(基準株)という用語は、この規約では使用されていません。植物や菌類では、学名のタイプ(基準)は原則的に生きているものであってはならず、乾燥標本 や図版を指定します(例外的に、代謝が不活性な状態の凍結乾燥標品などはタイプとして近年認められるようになりました)。しかし、タイプより由来した生きた菌株は実用上有用であるため、「タイプ由来株 (ex-type strain)」などのように正式には表記し、比較検討などの際に用います。このように、菌類では増殖している菌株そのものは命名法上のタイプではなく、また type strain という表記そのものも規約上認められていませんが、細菌を含む微生物株のユーザーに分かりやすくするために、特に酵母ではex-type strainの代わりに type strain を用いることがよくあります。なお、キノコやカビでは培養困難なものが多く、また命名の出発点がリンネの時代(1753年)までさかのぼるため、タイプ由来株が存在しないことがほとんどです。
Q.4 論文に JCM 番号が記載されているのに、JCM カタログ上で公開されていない菌株があるのですが、入手は可能でしょうか。
A.4 新しく発表された分類群については、公開のため準備作業を行っている場合があります。また、当該微生物株が文献に記載された性状を示さないこと等により性状の再検査を行っている場合もあります。いずれの場合もお問い合わせいただければ公開等の予定についてご連絡いたします。
2.提供について
Q.5 「生物遺伝資源提供同意書」には英語版と日本語版の両方がありますが、どちらを使用してもよいでしょうか?
A.5 「生物遺伝資源提供同意書」に公印をいただきますので、日本国内の利用者の方は日本語の書式をご使用ください。
Q.6 「生物遺伝資源提供同意書」の前文の利用者名欄(「以下「利用者」という」の前の記入欄)は、どのように記入すればよいでしょうか?
A.6 前文の利用者名欄には、機関名と研究責任者名をお願いいたします。(大学の場合、「○○大学□□学部・研究責任者名」、または「○○大学大学院□□研究科・研究責任者名」、企業であれば「企業名・研究責任者名」をご記入ください。)
Q.7 以前に提供を受けた株に関して「生物遺伝資源提供同意書」を締結しているのですが、同じ菌株を提供依頼する場合は、同意書も再度作成する必要があるのでしょうか?
A.7 一旦締結した「生物遺伝資源提供同意書」は、担当者、研究責任者、研究課題、微生物株が同一の場合には再度使用することができます。その場合は微生物株提供依頼書(書式M-4)に、既に締結されているMTA番号をご記入下さい。
Q.8 理研 BRC-JCM から提供される株を複数の研究課題に使用したいのですが、生物遺伝資源提供同意書第2項の課題名欄にどのように書けばよいでしょうか。
A.8 生物遺伝資源提供同意書は研究課題ごとに締結させていただいています。複数の研究課題にご利用になる場合は、お手数ですが研究課題毎に生物遺伝資源提供同意書をお送りください。課題名は具体的な表記(論文のタイトル程度)でお願いしています。一旦締結した研究課題と異なる研究課題にご利用になる場合にも、新たに生物遺伝資源提供同意書を締結させていただきますので、事前に理研 BRC にその旨ご連絡ください。また、「第一種生物遺伝資源提供同意書」(非営利機関における非営利学術研究目的)により提供したリソースの研究開発の成果を営利目的(特許の取得を含む)にご利用になる場合には、「第二種生物遺伝資源提供同意書」の締結を改めてお願いいたします。
3.微生物ゲノム DNA の提供について
Q.9 オンラインカタログにあるゲノム DNA 以外にもゲノムDNAの提供は可能でしょうか。
A.9 現在、ゲノム DNA 提供対象リソース数を増やすことを検討しております。もし、ご希望がありましたら、微生物材料開発室 (inquiry.jcmriken.jp) までお問い合わせ下さい。

《寄託・譲渡の FAQ》

Q.10 譲渡と寄託の違いは?
A.10 寄託」とは当該微生物株の知的財産権等が移転しない場合を指します。「譲渡」は知的財産権等の権利が弊当センターに移転される場合を指します。
Q.11 未同定の、あるいは新種等の発表前でまだ学名が決まっていない株を寄託することは可能でしょうか。
A.11 はい、可能です。その場合は例えば「Unidentified bacterium」などのように表記してください。また菌株番号、分離に関するデータ、原産国等はお知らせください。これらの情報は「微生物材料寄託申込書」に記入する場所があります。その他の手続きは通常どおりで、「生物遺伝資源寄託同意書」もしくは「生物遺伝資源譲渡同意書」もお願いいたします。
Q.12 理研 BRC-JCM に寄託予定の微生物株について現在論文を作成しており、その論文の引用を提供条件としたいのですが、寄託同意書にはどの様に記載すればよいでしょうか。
A.12 寄託同意書の第6項にその旨とともに、作成中の論文の情報(著者名、タイトル等)を明記してください。その情報により、同意書を締結いたします。論文が発表されましたら、当該論文の別刷または情報(著者名、タイトル、雑誌名、巻号、ページ、発表年)を速やかにお送りください。それに従って本同意書を更新し、提供条件としてホームページに記載いたします。なお、論文が発表された時点で当該微生物株は公開されますが、寄託者から論文の別刷または情報が送付されるまでは本条件が付加されないものとして扱われますので予めご了承ください。
Q.13 寄託した微生物株の公開は現在作成している論文の発表後にしてもらいたいのですが、同意書にはどの様に書けばよいでしょうか。
A.13 同意書には記入欄がありませんが、微生物材料寄託申込書の最後の項にご記入ください。ご希望に沿うように対応させていただきます。但し、寄託申込書にありますように、寄託後5年を経過した場合はJCMの判断により公開されることをご了承ください。
Q.14 「生物遺伝資源譲渡同意書」および「生物遺伝資源寄託同意書」には英語版と日本語版の両方がありますが、どちらを使用してもよいでしょうか?
A.14 公印をいただきますので、日本国内の利用者の方は日本語の書式をご使用ください。
Q.15 「生物遺伝資源譲渡同意書」および「生物遺伝資源寄託同意書」の前文の記入欄(「以下譲渡者という」、もしくは「寄託者という」の前の記入欄)は、どのように記入すればよいでしょうか。
A.15 前文の記入欄には、機関名と研究責任者名をお願いいたします。(大学の場合、「○○大学□□学部・研究責任者名」、または「○○大学大学院□□研究科・研究責任者名」、企業であれば「企業名・研究責任者名」をご記入ください。)
Q.16 寄託ならびに公開の証明書はいつ頃発行してもらえるのでしょうか。
A.16 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 誌 (IJSEM) に新種等を発表される場合、あるいは IJSEM の Validation List に新種等の掲載を依頼する場合、当該種等の基準株が2カ国以上の微生物保存機関に寄託され、一般に公開されることの証明が求められていますので、必要な方はお申込みください。JCM では、寄託された微生物株ならびに JCM で培養、保存されたアンプル等の生残性や汚染などについて検査をし、さらに 16S rRNA 遺伝子等の配列を確認したのちにこの証明書を発行しています。証明書のご依頼の連絡をいただいてからお時間をいただく場合があるかもしれませんが、ご理解とご協力をお願いいたします。