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RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 141
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理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● リソース紹介「Dysgonomonas属の再分類と新種記載」
● バイオリソースの提供手数料改定のお知らせ
● 菌株の特性に基づいた酵母株一覧 アップデート
● 新規公開微生物株（2026年4月-5月公開）
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┃ リソース紹介「Dysgonomonas属の再分類と新種記載」
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Dysgonomonas属（Dysgonomonadaceae科、Bacteroidales目）は、通性嫌気性の
発酵細菌から成る属で、これまでに、ヒトの臨床検体、海砂、ヒトの腸内、シ
ロアリの後腸など、多様な環境から分離されています。特に免疫不全患者から
分離されることがあり、日和見病原体としても注目されています。一方で、シ
ロアリやゴキブリなどの昆虫の腸内からも多く検出されており、ゲノム中には
糖質分解に関わる酵素が多数コードされていることから、宿主昆虫が摂取した
木質成分の分解に関与している可能性も考えられています。
近年、昆虫の腸内からはDysgonomonas属の分離株が報告されるだけでなく、
Dysgonomonas属に近縁な未培養細菌の16S rRNA遺伝子配列も多く見つかるよう
になってきました。そのため、この細菌群の多様性には関心が集まっています。
しかし、Dysgonomonas属は2000年に提唱されて以来、属全体を対象とした分類
学的な見直しは行われておらず、Dysgonomonas属の基準は明確ではありません
でした。
そこで本研究では、ゲノム情報と生理学的性質の両方に基づいて、
Dysgonomonas属の再分類を検討しました（高橋ら2026）。
まず、これまでに報告されているDysgonomonas属細菌と、新たにシロアリの腸
内から単離した2株について、ゲノム全体を比較しました。具体的には、細菌
同士が共通して持つタンパク質がどれくらい似ているか（Average Amino acid
Identity）、またどれくらいのタンパク質を共有しているか（Percentage of
Conserved Proteins）を調べました。その結果、従来Dysgonomonas属とされて
いた細菌群の中に、ゲノムの類似性が高いまとまりと、それらの間にある明確
な隔たりが認められました。このまとまりは、ゲノム配列に基づく系統関係と
もよく対応していました。
さらに、生理学的試験を行ったところ、Dysgonomonas属細菌の中にはインドー
ルを産生するものと産生しないものがあることがわかりました。この性質も、
ゲノム比較から見えてきたまとまりとおおむね一致していました。
以上の結果から、従来のDysgonomonas属は単一の属として扱うよりも、複数の
属に分ける方が妥当であると考えられました。本研究では、Dysgonomonas
gadeiを含む狭義のDysgonomonas属、Dysgonomonas capnocytophagoidesを代表
とする新属Indolivaga属、Dysgonomonas massiliensisを代表とする新属
Pseudodysgonomonas属を提唱しました。また、新たにシロアリ腸内から単離し
た2株のうち、1株は狭義のDysgonomonas属に属する新種、もう1株は既存の
Dysgonomonas属とは異なる新属に属する新種であると判断し、Viscerimonas属
を提唱しました。
この再分類により、昆虫腸内から頻繁に見つかるDysgonomonas属近縁細菌につ
いて、その多様性を整理するための分類学的な基盤が整いました。今後、これ
らの細菌が昆虫腸内でどのような役割を担っているのかを調べるうえでも、こ
の分類体系は重要な手がかりになると考えられます。
今回新たに単離した微生物と、再分類に伴って提唱した学名を以下に紹介します。
- JCM 35194 Dysgonomonas reticulitermitis
日本に広く生息するヤマトシロアリの腸内から単離された。インドールを産生
する。種小名 reticulitermitis は、ヤマトシロアリの属名 Reticulitermes
に由来する。
- JCM 35195 Viscerimonas tarda
日本に広く生息するヤマトシロアリの腸内から単離された。インドールは産生
しない。属名 Viscerimonas は「腸にすむ単細胞生物」を意味し、種小名
tarda は、ラテン語で「遅い」または「不活性な」を意味し、本菌株の生育が
遅いことに由来する。
- Indolivaga
属名Indolivagaは、インドールを意味するindolumと、「さまよう」「離れる」
を意味する vagus に由来し、「インドールから離れたもの」「インドール産
生に関与しない」という意味を持つ。この属には、従来Dysgonomonas
capnocytophagoides、Dysgonomonas macrotermitis、Dysgonomonas
alginatilyticaとされていた種が含まれる。
- Pseudodysgonomonas
属名Pseudodysgonomonasは、「偽の」を意味するpseudo-とDysgonomonasに由
来し、「Dysgonomonasに似ているが、真のDysgonomonasではないもの」という
意味。この属には、従来 Dysgonomonas massiliensis とされていた種が含ま
れる。
参考文献
Takahashi K, Hisatomi A, Mori K, et al. Reclassification of the genus
Dysgonomonas and description of Dysgonomonas reticulitermitis sp. nov.
and Viscerimonas tarda gen. nov., sp. nov. from the gut of the
subterranean termite Reticulitermes speratus.
Int J Syst Evol Microbiol. 2026;76(1):007031.
doi:10.1099/ijsem.0.007031
髙橋 一樹（基礎科学特別研究員）
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┃ バイオリソースの提供手数料改定のお知らせ
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当センターは、ライフサイエンスの研究開発に必要なバイオリソースを整備
し、提供する事業を実施しております。事業を継続的かつ円滑に行うために、
バイオリソースの収集、保存、品質管理等に必要な経費は理化学研究所運営費
交付金を充て、提供に必要な経費は提供手数料として利用者の皆様にご負担い
ただいております。
この度、人件費や原材料等のコスト上昇を受け、提供手数料の見直しを行い、
以下の通り提供手数料を改定させていただくことになりました。ご理解を賜り
ますよう、何卒宜しくお願い申し上げます。
今後とも、利用者の皆様の研究活動の発展に貢献できるよう、バイオリソー
スの充実と品質の向上に努力して参ります。活発なご利用をお待ちいたしてお
ります。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/fee2026
以下のリンク先で請求金額の概算を確認いただけますので、ご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/ordering/estimate
正確なお見積もり金額が必要な場合には、必要事項を記入した微生物材料提供
依頼書（書式M-4）とともにメールにてお問い合わせいただきますようお願い
します。
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┃ 菌株の特性に基づいた酵母株一覧 アップデート
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「菌株の特性に基づいた酵母株一覧」をアップデートしました。収載データを
1,415件から2,431件に増強し、グルコース、フルクトースのアルコール発酵能
や、40°C・42°Cでの増殖能でもソート可能になりました。酵母リソースの検
索に是非お役立てください。
菌株の特性に基づいた酵母株一覧
https://www.jcm.riken.jp/cgi-bin/jcm/function?KEY=YEAST
遠藤 力也（酵母・酵母様藻類担当）
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┃ 新規公開微生物株（2026年4月-5月公開）
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細菌
"Acinetobacter kanungonis subsp. JCM 36322 Proposed type strain
fragariae"
"Acinetobacter minutum" JCM 36321 Proposed type strain
Affinundibacterium flavidum JCM 34286 Type strain
Alteriqipengyuania triglochinis JCM 36262 Type strain
Arthrobacter antibioticus JCM 36082 Type strain
Arthrobacter endolithicus JCM 36079 Type strain
"Arthrobacter rhizophilus" JCM 35693 Proposed type strain
Daquilactobacillus linshuiensis JCM 38144 Type strain
"Denitratimonas organivorans" JCM 36229 Proposed type strain
Desulforhopalus glucosivorans JCM 39400 Type strain
"Desulforudis audaxviator" JCM 39285 Proposed type strain
"Desulfosceptrum tomskiensis" JCM 39286 Proposed type strain
"Desulfosporosinus shakirovi" JCM 39189 Proposed type strain
Desulfosporosinus sp. JCM 32883
Dokdonella aquatica JCM 36943 Type strain
"Dyella stictolepturae" JCM 37315 Proposed type strain
Enterococcus salsurae JCM 37829 Type strain
"Kamagatella elastica" JCM 39611 Proposed type strain
Magnetococcus organivorans JCM 39466 Type strain
Magnetovibrio massiliensis JCM 39465 Type strain
"Maridesulfovibrio caeruleilacunae" JCM 39061 Proposed type strain
"Maridesulfovibrio oucae" JCM 39062 Proposed type strain
"Microbacterium bengalense" JCM 37885 Proposed type strain
"Microbacterium fluminis" JCM 38050 Proposed type strain
Microbacterium hanjuni JCM 37689 Type strain
Microbacterium shimangi JCM 37690 Type strain
Microbacterium songi JCM 37688 Type strain
Microbacterium triticisoli JCM 35796 Type strain
Micromonospora yongxingensis JCM 38260 Type strain
Mycolicibacterium chengduense JCM 37531 Type strain
Mycolicibacterium sichuanense JCM 37529 Type strain
"Niallia laureatilytica" JCM 36811 Proposed type strain
Paeniglutamicibacter selenitireducens JCM 37299 Type strain
"Paramicrobacterium salitolerans" JCM 36217 Proposed type strain
Parvimonas oralis JCM 37774 Type strain
Parvimonas pharyngis JCM 37775 Type strain
Paucilactobacillus salsurae JCM 37828 Type strain
"Pseudochrobactrum albidum" JCM 37008 Proposed type strain
Qipengyuania triglochinis JCM 36263 Type strain
Rhodococcus huquni JCM 34841 Type strain
Rhodococcus mengyinensis JCM 36291 Type strain
Rhodococcus quanlei JCM 34842 Type strain
Rhodococcus ruitaii JCM 34787 Type strain
Rhodococcus shunpengi JCM 36290 Type strain
Ruegeria hyattellae JCM 37352 Type strain
Ruegeria jejuensis JCM 37225 Type strain
"Saccharothrix camelliae" JCM 37292 Proposed type strain
Sphingomonas benefaciens JCM 37846 Type strain
Sphingomonas cellulosilytica JCM 37845 Type strain
Sphingopyxis selenitireducens JCM 37246 Type strain
Stenotrophomonas tuberculopleuritidis JCM 36489 Type strain
Streptococcus bovismuti JCM 37064 Type strain
Streptomyces dryopteridis JCM 38134 Type strain
"Streptomyces kryoterrae" JCM 37994 Proposed type strain
"Streptomyces ruilongensis" JCM 35794 Proposed type strain
"Streptomyces yamdrokensis" JCM 37995 Proposed type strain
Tateyamaria algicola JCM 36649 Type strain
Tateyamaria rhodophyticola JCM 35962 Type strain
Terasakiella magnetica JCM 39464 Type strain
アーキア
"Haloarchaeobius caseinilyticus" JCM 37971 Proposed type strain
"Haloarchaeobius pelagicus" JCM 37972 Proposed type strain
Methanobacterium sp. JCM 18473
真菌
Tschermakia inclusa JCM 39667 ex-paratype strain
Tschermakia inclusa JCM 39668 ex-holotype strain
微細藻類
Radiococcus sp. JCM 39669
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
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2026年6月11日
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