**********************************************************************
RIKEN BioResource Research Center - Japan Collection of Microorganisms
JCM Mail News （電子メール版） No. 139
**********************************************************************
理化学研究所 バイオリソース研究センター 微生物材料開発室（JCM）
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。
━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● リソース紹介「JCMコレクション株を用いた炭酸固定微生物の体系的整理」
● バイオリソースの提供手数料改定のお知らせ
● 新規公開微生物株（2025年12月-2026年2月公開）
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃ リソース紹介「JCMコレクション株を用いた炭酸固定微生物の体系的整理」
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
微生物の理解を深め、資源として有効活用していくためには、「ゲノム情報」
と「培養情報」を統合して理解することが重要です。
そこで、JCMが保有するゲノム解読済み微生物株（約6,700株）を対象に、カル
ビン・ベンソン回路関連遺伝子の保持状況とCO2固定能力に関する情報を整理
しました[Nishihara A, et al. 2026]。その結果、培養株の中に、まだ炭酸固
定能力が確認されていない微生物が多数存在することが明らかになりました。
解析の結果、カルビン・ベンソン回路関連遺伝子を有する147属（約300株）が
確認され、そのうち74属ではCO2固定能が報告されていました。一方で、残り
73属については文献でCO2固定が確認されていない、あるいは未検証の株が
多数含まれていることが明らかになりました。特に、Actinomycetota
（Streptosporangiales）やDeinococcota（Thermales）の系統群には、CO2
固定の可能性がありながら未検証の株が多く含まれていることが分かりました。
そこで、遺伝子情報に加え、培養条件（酸素濃度、温度、pH、エネルギー源
［電子供与体］）や分離環境の情報を統合することで、どのような微生物がど
のような環境でCO2固定を行う可能性があるのかをゲノム情報から推定される
代謝ポテンシャルも含めて体系的に整理しました。本研究で整理された情報は、
JCMが提供する微生物資源を活用した炭酸固定研究の基盤情報として利用する
ことができます。
二酸化炭素（CO2）を取り込み有機物へ変換する「CO2固定」は、地球の物質
循環を支える重要な生命活動の一つです。その代表的な仕組みであるカルビン
・ベンソン回路は、地球上で固定される炭素の約95％を担うとされています。
近年、温室効果ガスであるCO2を資源として活用する技術への関心が高まる中
で、カルビン・ベンソン回路を持つ微生物は、炭素循環の理解だけでなく、
環境にやさしい物質生産やバイオものづくりへの応用が期待されます。
カルビン・ベンソン回路を介した炭酸固定を行う微生物を、一部以下に紹介
いたします。
・JCM 36303等 Cupriavidus necator
旧名はRalstonia eutropha/ Wautersia eutropha/ Alcaligenes eutrophus。
水素酸化細菌の代表モデルで、バイオプラスチックのポリヒドロキシアルカン
酸（PHA）生産等の工業利用で活用されている種 [Pohlmann A, et al.
(2006)等]。JCMには基準株を含め、9株が保存されている。
・JCM 3867等 Acidithiobacillus thiooxidans
旧名は Thiobacillus thiooxidans。酸性環境で硫黄や硫黄化合物を酸化する。
微生物を利用して鉱石から金属を回収する技術（バイオリーチング）で利用
されている[Wang J, et al. 2014等]。JCMには基準株を含め、5株が保存され
ている。
・JCM 7688 Hydrogenovibrio marinus
海洋に生息する水素酸化独立栄養細菌であり、高い酸素耐性を持ち、最大40%の
酸素濃度条件でも増殖可能であることが報告されている[Nishihara H, et al.
1991]。カルビン・ベンソン回路で利用される2種類のRuBisCOを有する。
・JCM 6121 Cereibacter sphaeroides
旧名は Rhodobacter sphaeroides / Rhodopseudomonas sphaeroides。紫色非
硫黄細菌のモデル生物であり、2種類のRuBisCOを有する。光合成やカルビン・
ベンソン回路に関する研究で広く利用されている[Tabita FR. 1988等]。
参考文献
Nishihara A, et al. 2026.
Exploring the diversity and metabolic potential of CO2 fixation
mediated by RubisCO in prokaryotes in the Japan Collection of
Microorganisms.
Microbes and Environments 41: ME25035.
DOI: 10.1264/jsme2.ME25035
Pohlmann A, et al. 2006.
Genome sequence of the bioplastic-producing "Knallgas" bacterium
Ralstonia eutropha H16.
Nature Biotechnology 24: 1257–1262.
DOI: 10.1038/nbt1244
Wang J, et al. 2014.
Bioleaching of low-grade copper sulfide ores by Acidithiobacillus
ferrooxidans and Acidithiobacillus thiooxidans.
Journal of Central South University 21: 728–734.
DOI: 10.1007/s11771-014-1995-3
Nishihara H, et al. 1991.
Growth characteristics and high cell-density cultivation of a marine
obligately chemolithoautotrophic hydrogen-oxidizing bacterium
Hydrogenovibrio marinus strain MH-110 under a continuous gas-flow system.
Journal of Fermentation and Bioengineering 72: 358–361.
DOI: 10.1016/0922-338X(91)90087-W
Tabita FR. 1988.
Molecular and cellular regulation of autotrophic carbon dioxide
fixation in microorganisms.
Microbiological Reviews 52: 155–189.
DOI: 10.1128/mr.52.2.155-189.1988
西原亜理沙（特別研究員）
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃ バイオリソースの提供手数料改定のお知らせ
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
当センターは、ライフサイエンスの研究開発に必要なバイオリソースを整備
し、提供する事業を実施しております。事業を継続的かつ円滑に行うために、
バイオリソースの収集、保存、品質管理等に必要な経費は理化学研究所運営費
交付金を充て、提供に必要な経費は提供手数料として利用者の皆様にご負担い
ただいております。
この度、人件費や原材料等のコスト上昇を受け、提供手数料の見直しを行い、
以下の通り提供手数料を改定させていただくことになりました。ご理解を賜り
ますよう、何卒宜しくお願い申し上げます。
今後とも、利用者の皆様の研究活動の発展に貢献できるよう、バイオリソー
スの充実と品質の向上に努力して参ります。活発なご利用をお待ちいたしてお
ります。
https://web.brc.riken.jp/ja/archives/news/20260210_01
┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃ 新規公開微生物株（2025年12月-2026年2月公開）
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
細菌
Acetobacterium sp. JCM 14819
Acidaminobacterium chupaoyuni JCM 37290 Type strain
Agarivorans sediminis JCM 35392 Type strain
Agromyces excoecariae JCM 34940 Type strain
Alicyclobacillus sp. JCM 15091
Allocoprococcus comes JCM 37939 Type strain
Allocoprococcus similis JCM 37173 Type strain
"Ammoniphilus soli" JCM 37210 Proposed type strain
"Anoxybacillus tunisiense" JCM 15468
Apilactobacillus pseudapinorum JCM 37175 Type strain
Aquimarina rhabdastrellae JCM 37598 Type strain
Asticcacaulis carbonis JCM 34539 Type strain
Aurantiacibacter sediminis JCM 33995 Type strain
"Bacillus spongicola" JCM 36756 Proposed type strain
Bartonella eidoli JCM 36791 Type strain
Bartonella numerosa JCM 36790 Type strain
Bartonella occidentalis JCM 36789 Type strain
Bartonella propinqua JCM 36786 Type strain
Bartonella rhinolophi JCM 36787 Type strain
Bartonella vaga JCM 36788 Type strain
"Caldiclava thermospodii" JCM 16306
"Cellulophaga omnivescoria" JCM 32108 Proposed type strain
Chelatococcus sp. JCM 37729
Chitinirhabdus sediminis JCM 37906 Type strain
Chryseobacterium chendengshani JCM 33877 Type strain
Chryseobacterium subflavum JCM 33868 Type strain
"Clostridium minutum" JCM 14820
"Clostridium paridis" JCM 34646 Proposed type strain
"Clostridium rhizosphaerae" JCM 34845 Proposed type strain
Clostridium sp. JCM 16182
Clostridium sp. JCM 16314
Clostridium sp. JCM 16807
Clostridium sp. JCM 16808
"Clostridium yunnanense" JCM 34644 Proposed type strain
Coprococcus eutactus JCM 37940 Type strain
Croceiramulus getboli JCM 36479 Type strain
"Curtobacterium pomorum" JCM 37513 Proposed type strain
Dysgonomonas reticulitermitis JCM 35194 Type strain
Faecalimonas hominis JCM 37172 Type strain
Faecalimonas mobilis JCM 37798 Type strain
Faecalimonas nexilis JCM 37525
Fervidobacterium sp. JCM 15582
"Fervidobacterium tianchisum" JCM 14752
Flagellimonas rhodophyticola JCM 37802 Type strain
Flagellimonas ulvae JCM 37803 Type strain
"Flavobacterium agrisoli" JCM 34302 Proposed type strain
Hominimerdicola intestinalis JCM 36633 Type strain
Indolivaga alginatilytica JCM 38120 Type strain
Kocuria kalidii JCM 37381 Type strain
Kocuria rhizosphaerae JCM 37379 Type strain
Kocuria rhizosphaericola JCM 37380 Type strain
"Lacrimispora sanguinis" JCM 37550 Proposed type strain
"Lactiplantibacillus kimchii" JCM 37966 Proposed type strain
"Lactiplantibacillus koreensis" JCM 37965 Proposed type strain
"Marinicella algicola" JCM 35965 Proposed type strain
Marinobacter sp. JCM 15712
Metapseudomonas phytobenefica JCM 37070 Type strain
Methylomonas stagni JCM 36702 Type strain
Microbulbifer discodermiae JCM 37223 Type strain
Mucilaginibacter aureus JCM 37500 Type strain
"Mucilaginibacter florum" JCM 36590 Proposed type strain
"Mucilaginibacter oryzagri" JCM 35894 Proposed type strain
Mucilaginibacter sediminis JCM 37501 Type strain
"Natribacillus halophilus" JCM 15648
"Neobacillus solisequens" JCM 37672 Proposed type strain
"Neobacillus terrisolis" JCM 37671 Proposed type strain
"Neorhizobium lilium" JCM 33731 Proposed type strain
"Ningiella algicola" JCM 35964 Proposed type strain
Paracoccus jiaweipingae JCM 37697 Type strain
Paracoccus zhouxuedongae JCM 37698 Type strain
"Paraniabella aurantiaca" JCM 37728 Proposed type strain
"Pelagithermus desulfuricans" JCM 15748
"Phaeovulum molybdatiresistens" JCM 35387 Proposed type strain
Phenylobacterium glaciei JCM 33227 Type strain
Piscibacillus sp. JCM 15780
Pseudocoprococcus catus JCM 37941 Type strain
Pseudocoprococcus immobilis JCM 37951 Type strain
Pseudodysgonomonas massiliensis JCM 38122 Type strain
Pseudomonas bambusae JCM 36624 Type strain
Pseudomonas tumuqii JCM 34129 Type strain
"Pseudonocardia mahuensis" JCM 34850 Proposed type strain
Ruminococcus sporogenes JCM 36793 Type strain
"Salinisphaera marina" JCM 14955
Sediminibacterium longum JCM 36264 Type strain
"Sphingomonas xanthus" JCM 32376 Proposed type strain
"Spirochaeta pyruvativorans" JCM 15036
Spongorhabdus nitratireducens JCM 37577 Type strain
"Streptomyces dioscori" JCM 32173 Proposed type strain
Streptomyces secundicynarae JCM 37325 Type strain
Thaumasiovibrio clandestinus JCM 37837 Type strain
Thermoanaerovibrio sp. JCM 15583
"Thermodesulfobium fumaratoxidans" JCM 39391 Proposed type strain
Thermorhabdus hydrogeniformans JCM 39573 Type strain
Thermosipho sp. JCM 15584
Undibacter mobilis JCM 32856 Type strain
Unidentified bacterium JCM 15107
Vibrio sabulosilitoris JCM 37826 Type strain
Vibrio sabulosilitoris JCM 37827
Viscerimonas tarda JCM 35195 Type strain
アーキア
"Caldiplasma sukawensis" JCM 39523
"Caldiplasma sukawensis" JCM 39524 Proposed type strain
"Cuniculiplasma thermophilum" JCM 39525
"Cuniculiplasma thermophilum" JCM 39526 Proposed type strain
"Halonovum rutilum" JCM 36641 Proposed type strain
"Halonovum salinarum" JCM 36640 Proposed type strain
Halorubrum sp. JCM 14979
Methanosarcina mangrovi JCM 39553 Type strain
Methanosarcina sediminis JCM 39554 Type strain
Natronoarchaeum sp. JCM 16329
Natronomonas amylolytica JCM 36683 Type strain
"Natronorubrum amylolyticum" JCM 37221 Proposed type strain
"Natronorubrum marinum" JCM 37154 Proposed type strain
"Natronorubrum salinum" JCM 36152 Proposed type strain
Salinarchaeum laminariae JCM 17266
Thermoplasma acidophilum JCM 17944
Thermoplasma acidophilum JCM 17945
真菌
Bannozyma yamatoana JCM 5975
Bannozyma yamatoana JCM 5976
Bannozyma yamatoana JCM 5977
Bullera alba JCM 6075
Bullera alba JCM 6076
Candida albicans JCM 2302
Candida membranifaciens JCM 2336
Candida metapsilosis JCM 2371
Candida saitoana JCM 2116
Candida saitoana JCM 2117
Candida tropicalis JCM 2301
Candida tropicalis JCM 2303
Candida tropicalis JCM 2377
Candida zeylanoides JCM 2340
Carlosrosaea camelliae JCM 36700 Type strain
Chrysozyma griseoflava JCM 5981
Chrysozyma sp. JCM 5655
Clavispora sp. JCM 2274
Cutaneotrichosporon curvatum JCM 11578
Debaryomyces hansenii JCM 1524
Dioszegia aurantia JCM 36696 Type strain
Dioszegia changbaiensis JCM 5980
Dioszegia foliicola JCM 36695 Type strain
Dioszegia guizhouensis JCM 36694 Type strain
Dioszegia guizhouensis JCM 36697
Farysia photiniae JCM 36715 Type strain
Filobasidium castaneae JCM 35729 Type strain
Filobasidium pseudomali JCM 36693 Type strain
Filobasidium qingyuanense JCM 36688 Type strain
Geotrichum candidum JCM 2452
Geotrichum candidum JCM 2453
Geotrichum klebahnii JCM 2455
Issatchenkia orientalis JCM 3535
Kluyveromyces marxianus JCM 2275
Kockovaella quanzhouensis JCM 36712 Type strain
Kockovaella sambuci JCM 36714 Type strain
Kurtzmaniella quercitrusa JCM 2372
Lipomyces lipofer JCM 5991 Type strain
Magnusiomyces magnusii JCM 6310
Magnusiomyces magnusii JCM 34065
Magnusiomyces magnusii JCM 35273
Magnusiomyces magnusii JCM 35288
Magnusiomyces magnusii JCM 35299
Metschnikowia sp. JCM 2378
Meyerozyma guilliermondii JCM 1540
Monascostroma sphagnophilum JCM 39663
Monascostroma sphagnophilum JCM 39664
Pichia fermentans JCM 2272
Rhodosporidiobolus odoratus JCM 5982
Rhodotorula silvicola JCM 36980 Type strain
Saitozyma ninhbinhensis JCM 16266
Saitozyma ninhbinhensis JCM 16267
Saitozyma podzolica JCM 16268
Saitozyma podzolica JCM 16269
Sporobolomyces japonicus JCM 5737
Vanrija humicola JCM 1529
Vishniacozyma diospyri JCM 36719 Type strain
Vishniacozyma eriobotryae JCM 36716 Type strain
Vishniacozyma guiyangensis JCM 36713 Type strain
Wickerhamomyces guiyangensis JCM 36690 Type strain
Wickerhamomyces paramyanmarensis JCM 36692 Type strain
Wickerhamomyces phyllophilus JCM 36689 Type strain
Wickerhamomyces quanzhouensis JCM 36687 Type strain
Yamadazyma aaseri JCM 2292
Yamadazyma akebiae JCM 36691 Type strain
Yarrowia lipolytica JCM 2346
Yarrowia yakushimensis JCM 12780
Yarrowia yakushimensis JCM 12781
Yarrowia yakushimensis JCM 12783
Zygosaccharomyces bailii JCM 1799
微細藻類
Coccomyxa sp. JCM 39665
Coccomyxa sp. JCM 39666
詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue
------------------------
※ メールニュースの配信を停止されたい場合は、こちらのページ
( https://jcm.brc.riken.jp/ja/jcmmn )で配信停止を行ってください。
※ 当メールへのご質問などは、微生物材料開発室( inquiry.jcm@riken.jp )
までお送りください。
※ 当メールニュース受信者各位機関のサーバーメンテナンス等によりメール
ニュースをお届けできない場合でも、メールニュースの再発行は行いません。
発行済みのメールニュースは当開発室のWebサイトで公開しておりますので
そちらをご覧ください。
https://jcm.brc.riken.jp/ja/mailnews
※ 本メールに記載された内容は予告することなく変更することがあります。
※ 本メールに掲載された記事を許可なく複製・転載することを禁止します。
_____________________________________________
発行
理化学研究所 バイオリソース研究センター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry.jcm@riken.jp
https://jcm.brc.riken.jp/ja/
https://x.com/RBRC_JCM_jp
https://x.com/RIKEN_BRC_jp
https://bsky.app/profile/riken-brc-jp.bsky.social
2026年3月19日
_____________________________________________
