オンラインカタログ

 学名検索1
 属名:
 種名:
    例1: 属名 = Micromonospora
例2: 種名 = aurantiaca
例3: 属名 = %monospo, 種名 = %ensis
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 学名検索2
   学名:
    例1: 学名 = Micromonospora chalcea
例2: 学名 = Lactobacillus paracasei subsp. paracasei
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 JCM番号検索
   JCM番号:
    例: JCM = 12345 (完全一致検索)

 他保存機関番号検索
 機関名略称:
 番号:
    例1: 機関名略称 = DSM, 番号 = 43067
例2: 機関名略称 = VKM, 番号 = Ac-636
(完全一致検索。大文字・小文字は区別されます)

 菌株データ検索
   キーワード:
    例: キーワード = genome sequence
(部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

 培地検索
 JCM培地番号:
 培地名:
    例1: JCM培地番号 = 58
例2: 培地名 = malt extract
(JCM培地番号は完全一致検索、培地名は部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

JCM Mail News No. 94


*************************************************************
RIKEN BioResource Center - Japan Collection of Microorganisms
            JCM Mail News (電子メール版) No. 94
*************************************************************

  理化学研究所 バイオリソースセンター 微生物材料開発室(JCM)
  が公開している微生物等の最新情報をお届けします。

━━━━  目  次  ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 ● 今月のトピックス「幻の腎臓型酵母Reniforma strues」
 ● 新規公開微生物株(2015年11-12月公開)
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  今月のトピックス「幻の腎臓型酵母Reniforma strues」
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 我々の身の回りは肉眼では見えない微生物たちで満ち溢れています。見えない
はずの微生物たちが見えてしまう主人公の大学院生活を描いた某漫画の影響で、
微生物により親しみを感じるようになった方も多いのではないでしょうか。この
世には数多の菌類Fungiが棲息しており、その種数は少なくとも約150万といわれ
ます(Hawksworth, 2012)。一方で記載されている菌類はおよそ10万種とされま
す(Kirk et al., 2008; Blackwell, 2011)。菌類の総種数や記載種数について
は諸説ありますが、我々人類が名前をつけていない、あるいは誰も分離したこと
がない菌類が相当数に上ることは確かなようです。
 記載こそされてはいても、自然界でどのように棲息しているのかほとんど情報
が無い種は数多く存在します。今日ご紹介するのはそんな謎の多い酵母、
Reniforma struesです。Reniforma struesの最大の特徴は、珍奇なその細胞形態
と増殖様式にあります。属名が示す通り、細胞が腎臓型reniformをしており、な
おかつ出芽によって増殖します。細胞がアルファベットの“C”の形をしており、
Cの字の先端から小さなCの字が芽を出して増殖する、と表現すればイメージが
つきやすいでしょうか。Large subunit ribosomal RNA遺伝子やITSなど、菌類の
DNAバーコード領域の塩基配列が解読されており、系統的には担子菌門
(Basidiomycota)サビキン亜門(Pucciniomycotina)に属することが明らかになっ
ています(Schell et al., 2011)。また、生理生化学的性状も調べられており、
栄養源として利用できる炭素源が極めて限られていることも判明しています。
 Reniforma struesはアメリカ合衆国ウェストバージニア州の排水処理施設の曝
気槽に生じたバイオフィルムから分離され、Pore and Sorenson (1990)により
新種記載されました。The Yeast, a Taxonomic Study 第5版によれば、Reniforma
struesは「1983年から1990年にウェストバージニア州とペンシルベニア州の排水
処理施設から分離された」と記述されていることから、複数回にわたって検出さ
れたようですが、菌株としては世界に1株しか現存していません(残念ながら菌
株は当方JCMには保存されていません)。また、筆者の知る限りPore and 
Sorenson (1990)以降にReniforma struesを分離または検出したという記録は無く、
幻の酵母と言えます。
 近年、いわゆる次世代シーケンサーの普及により、環境中のどこにどんな菌類
が棲息しているか遺伝情報から推定することが急速に容易になってきました。に
もかかわらず、自然界におけるReniforma struesの存在は杳としてつかめてい
ません。先述したように、膨大な種数の菌類が自然界に棲息していることは間違
いありません。これは、機能未知の菌類リソースが手つかずの状態で眠っている
と言い換えても過言ではないでしょう。それらをいかにして掘り出し、利活用へ
つなげていくかが大きな課題です。
 国内で幻の腎臓型酵母Reniforma struesを発見されましたら、論文発表と共に
是非ともJCMへ寄託いただきますようお願い申し上げます。

遠藤  力也(酵母・酵母様藻類担当)

参考文献
 1) Hawksworth DL (2012) Biodiversity and Conservation 21:2425-2433.
 2) Kirk PM et al. (2008) Ainsworth & Bisby’s dictionary of the fungi,
    10th edn. CAB International, Wallingford.
 3) Blackwell M (2011) American Journal of Botany 98:426-438.
 4) Schell et al. (2011) Mycologia 103:1331-1340.
 5) Pore RS & Sorenson WG (1990) Mycologia 82:549-553.

┏━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
┃  新規公開微生物株(2015年11-12月公開)
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
細菌
Alkalimicrobium pacificum                 JCM 19851  Type strain
Amycolatopsis cihanbeyliensis             JCM 31029  Type strain
Amycolatopsis stemonae                    JCM 30050  Type strain
Aureimonas glaciistagni                   JCM 30183  Type strain
Aureimonas sp.                            JCM 18007
Bacillus lycopersici                      JCM 19140  Type strain
Bifidobacterium bifidum                   JCM 19472
Bifidobacterium bifidum                   JCM 19473
Bifidobacterium bifidum                   JCM 19475
Bifidobacterium bifidum                   JCM 19477
Bifidobacterium bifidum                   JCM 19479
Bifidobacterium bifidum                   JCM 19481
Bizionia arctica                          JCM 30333  Type strain
Bizionia fulviae                          JCM 30417  Type strain
Bradyrhizobium oligotrophicum             JCM 18005
Bradyrhizobium sp.                        JCM 18004
Brevirhabdus pacifica                     JCM 19489  Type strain
Celeribacter naphthalenivorans            JCM 30679  Type strain
"Chryseobacterium profundimaris"          JCM 19801  Proposed type strain
Chryseobacterium solani                   JCM 19456  Type strain
"Cohnella humi"                           JCM 18164  Proposed type strain
Croceifilum oryzae                        JCM 30426  Type strain
Diaphorobacter polyhydroxybutyrativorans  JCM 30411  Type strain
Domibacillus tundrae                      JCM 30371  Type strain
"Faecalibaculum rodentium"                JCM 30274  Proposed type strain
Flavobacterium procerum                   JCM 30113  Type strain
Flindersiella endophytica                 JCM 31030  Type strain
Fusibacter fontis                         JCM 19912  Type strain
Gordonia neofelifaecis                    JCM 31031  Type strain
Haliea atlantica                          JCM 30304  Type strain
Jatrophihabitans fulvus                   JCM 30448  Type strain
Kineosporia babensis                      JCM 31032  Type strain
"Lentibacillus amyloliquefaciens"         JCM 19838
Lunatimonas lonarensis                    JCM 18822  Type strain
Lysinibacillus fusiformis                 JCM 31033  Type strain
Mameliella atlantica                      JCM 30230  Type strain
Marinobacter halophilus                   JCM 30472  Type strain
Maritimibacter lacisalsi                  JCM 30555  Type strain
Mesorhizobium acaciae                     JCM 30534  Type strain
Methylobacterium sp.                      JCM 18006
Microbacterium rhizomatis                 JCM 30598  Type strain
Micromonospora avicenniae                 JCM 31034  Type strain
Micromonospora equina                     JCM 31035  Type strain
Micromonospora haikouensis                JCM 31036  Type strain
Micromonospora nickelidurans              JCM 30559  Type strain
Micromonospora sonneratiae                JCM 31037  Type strain
Micromonospora wenchangensis              JCM 31038  Type strain
Mucilaginibacter ginsengisoli             JCM 30759  Type strain
Mythylomagnum ishizawai                   JCM 18894  Type strain
Nonomuraea polychroma                     JCM 6834   Type strain
Oceanisphaera psychrotolerans             JCM 30466  Type strain
"Paenibacillus alba"                      JCM 18165  Proposed type strain
Paenibacillus hemerocallicola             JCM 19572  Type strain
"Paenibacillus humi"                      JCM 18166  Proposed type strain
Paenibacillus oenotherae                  JCM 19573  Type strain
Paenibacillus yunnanensis                 JCM 30593  Type strain
Pantoea sp.                               JCM 30570
Pantoea sp.                               JCM 30571
Pantoea sp.                               JCM 30572
Pantoea sp.                               JCM 30573
Pantoea sp.                               JCM 30574
Pantoea sp.                               JCM 30575
Pantoea sp.                               JCM 30576
Phaeocystidibacter marisrubri             JCM 30614  Type strain
Plantactinospora endophytica              JCM 31039  Type strain
Pseudomaricurvus alcaniphilus             JCM 18313  Type strain
Pseudomonas salina                        JCM 19469  Type strain
Pseudoxanthomonas sangjuensis             JCM 19948  Type strain
Qipengyuania sediminis                    JCM 30182  Type strain
Saccharopolyspora halotolerans            JCM 31077  Type strain
"Seohaeicola westpacificensis"            JCM 18883  Proposed type strain
Shimia sagamensis                         JCM 30583  Type strain
Sinimarinibacterium flocculans            JCM 17606
Sinimarinibacterium flocculans            JCM 17607  Type strain
Solirubrobacter phytolaccae               JCM 31078  Type strain
Solirubrobacter taibaiensis               JCM 31079  Type strain
Streptomonospora sediminis                JCM 31080  Type strain
"Streptomyces vayuensis"                  JCM 13217
Tamilnaduibacter salinus                  JCM 30174  Type strain
Tamilnaduibacter salinus                  JCM 30175
Terrisporobacter petrolearius             JCM 19845  Type strain
Tumebacillus luteolus                     JCM 19866  Type strain
Tumebacillus luteolus                     JCM 19867
Verrucosispora maris                      JCM 31040  Type strain
Verrucosispora wenchangensis              JCM 31041  Type strain
Vibrio oceanisediminis                    JCM 30409  Type strain
Vitellibacter echinoideorum               JCM 30378  Type strain
Winogradskyella eckloniae                 JCM 18703  Type strain
Youhaiella tibetensis                     JCM 19854  Type strain

アーキア
Haloarchaeobius amylolyticus              JCM 18642  Type strain
"Halorubrum rutilum"                      JCM 30030  Proposed type strain
Halorussus amylolyticus                   JCM 18367  Type strain
Halosimplex litoreum                      JCM 18647  Type strain
Halorientalis brevis                      JCM 18366  Type strain
Halarchaeum grantii                       JCM 19585  Type strain
Halarchaeum grantii                       JCM 18422
Halarchaeum grantii                       JCM 19586

詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
http://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue

------------------------
※ メールでの情報提供受信を中止されたい場合は、微生物材料開発室
(inquiry@jcm.riken.jp)まで「メールニュース不要」の旨をご連絡下さい。
※ 当メールへのご質問などは、微生物材料開発室(inquiry@jcm.riken.jp)
までお送り下さい。
※ 当メールニュース受信者各位機関のサーバーメインテナンス等によりメール
ニュースをお届けできない場合でも、メールニュースの再発行は行いません。
発行済みのメールニュースは当開発室のwebサイトで公開しておりますので
そちらをご覧下さい。
http://jcm.brc.riken.jp/ja/mailnews
※ 本メールに記載された内容は予告することなく変更することがあります。
※ 本メールに掲載された記事を許可なく複製・転載することを禁止します。
_____________________________________________
発行
理化学研究所 バイオリソースセンター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry@jcm.riken.jp
http://jcm.brc.riken.jp/ja/
2016年1月29日
_____________________________________________