オンラインカタログ

 学名検索1
 属名:
 種名:
    例1: 属名 = Micromonospora
例2: 種名 = aurantiaca
例3: 属名 = %monospo, 種名 = %ensis
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 学名検索2
   学名:
    例1: 学名 = Micromonospora chalcea
例2: 学名 = Lactobacillus paracasei subsp. paracasei
(前方一致検索。ワイルドカード「%」を使って中間または後方一致検索も可能。大文字・小文字は区別されません)

 JCM番号検索
   JCM番号:
    例: JCM = 12345 (完全一致検索)

 他保存機関番号検索
 機関名略称:
 番号:
    例1: 機関名略称 = DSM, 番号 = 43067
例2: 機関名略称 = VKM, 番号 = Ac-636
(完全一致検索。大文字・小文字は区別されます)

 菌株データ検索
   キーワード:
    例: キーワード = genome sequence
(部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

 培地検索
 JCM培地番号:
 培地名:
    例1: JCM培地番号 = 58
例2: 培地名 = malt extract
(JCM培地番号は完全一致検索、培地名は部分一致検索。大文字・小文字は区別されません)

JCM Mail News No. 84

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RIKEN BioResource Center - Japan Collection of Microorganisms
            JCM Mail News (電子メール版) No. 84
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独立行政法人 理化学研究所 バイオリソースセンター 微生物材料開発室(JCM)
が公開している微生物等の最新情報をお届けします。

━━━━ 目 次 ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
● 酵母類の取り扱いに関する基礎技術研修のお知らせ
● 今月のトピックス「JCMにおける保存体制と品質管理、特に放線菌の現状に
  ついて」
● 特別企画「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)」実物つきパネル
  展示のご案内
● 環境微生物系学会合同大会2014におけるブース展示のご報告
● 新規公開微生物株(2014年10月公開)

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┃  酵母類の取り扱いに関する基礎技術研修 ~アンプル開封からDNA抽出・PCR
┃  産物の精製まで~ のお知らせ
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 JCMでは下記の要領で技術研修を行います。
 概  要: 酵母類の同定に有用な遺伝情報(Large subunit rRNA遺伝子の塩
       基配列)取得のための、基本的な培養・DNA抽出・PCR法等につい
       て講義および実習を行います。 
 研修期間: 平成 27年 1月 29日(木)~30日(金)(2日間)
 実施場所: 独立行政法人理化学研究所(筑波地区) 情報・微生物棟内
       (茨城県つくば市高野台3-1-1)

詳細はホームページでご案内予定です。

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┃  今月のトピックス「JCMにおける保存体制と品質管理、特に放線菌の現状に
┃ついて」
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 JCMでは設立当初から、原則すべての株を複数の方法、すなわち-80℃での凍結
法(ディープフリーザー中)、約-160℃での凍結法(液体窒素気相中)及び凍結
乾燥法またはL乾燥法(乾燥後4℃)で保存しています。これらのうち、凍結乾燥
またはL乾燥アンプルはユーザーへの提供に用いられ、凍結保存は主に提供用ア
ンプルの補充作製するためのシードとして用いています。また、災害や不測の事
故が起こったときに貴重な微生物株が失われないよう、危険分散として兵庫県佐
用郡佐用町の理研播磨事業所内の液体窒素タンクにも菌株のコピーを保存してい
ます。
 JCMでは2007年にISO 9001の認証を取得し、品質マネジメントシステムの下、
高品質な微生物株リソースの収集、保存、提供を目指して一層の努力を行ってい
るところです。微生物株の受け入れ時並びに保存標品作製時には、生残性、コロ
ニー形態や細胞形態並びにコンタミネーションの有無などを確認します。また、
特に放線菌や糸状菌など特徴的な胞子を形成するものは、その形態の確認と胞子
形成に適した培地の検討なども合わせて行っています。凍結保存と乾燥アンプル
の作製にあたっては、菌体を分散媒に懸濁したのち、凍結あるいは乾燥の前後で
上記の項目を確認し、凍結や乾燥による生残性の低下や形態の変化がないかを確
認しています。なお、アンプルの乾燥後の確認時には、37℃、2~4週間加温した
標品を用いた加速保存試験を行っています。
 放線菌を含む細菌・アーキアでは、保存株の正当性をより客観的に判断するた
め、2005年頃からは16S rRNA 遺伝子の配列による遺伝子検査を導入し、特に新
規寄託(または譲渡)菌株については、2011年以降は遺伝子検査に合格しなけれ
ば受け入れができないようにルール化しています。放線菌及び関連細菌、
Bacillacles目のThermoactinomycetaceae科については既保存株の遺伝子検査も
並行して行っており、現在のところ対象の公開株3,810株のうち、76%について検
査が終了しています。今後も全公開株の遺伝子検査を完了するべく継続して参り
ます。なお、オンラインカタログ上に遺伝子検査終了株か否かを表示することを
現在計画しておりますが、お問い合わせいただければ情報を提供いたしますので、
inquiry@jcm.riken.jpまでご連絡下さい。

工藤 卓二(放線菌・好気性細菌担当)

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┃  特別企画「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)」
┃  実物つきパネル展示のご案内
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 JCMは「一般微生物」担当として文部科学省ナショナルバイオリソースプロジ
ェクトに参加しています。来る11月25日(火)から3日間、第37回日本分子生物
学会年会・特別企画「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)」におい
て、NBRPを中心に国内で進められているバイオリソース事業を紹介いたします。
 この中で、JCMのリソースについてデータベースのデモや様々な資料を用意し
てわかりやすく解説いたします。皆様のご来場を心よりお待ちしております。
展示の終了時間が、先月のメールニュースでお知らせした時間よりも延長されて
おりますので、是非お立ち寄りください。

日時:2014年11月25日(火)~27日(木)
   10:00~19:30
会場:第37回日本分子生物学会年会 附設展示会場
   NBRPコーナー(パシフィコ横浜 展示スペース)
   〒220-0012 横浜市西区みなとみらい1-1-1
   TEL:045-221-2155(代)
詳細は http://www.nbrp.jp/ をご覧ください。

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┃  環境微生物系学会合同大会2014におけるブース展示のご報告
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
 環境微生物系学会合同大会2014(浜松、2014年10月)でのJCMブース展示に多
くの方々にお立ち寄りいただき、誠にありがとうございました。研究や仕事の内
容・入手したい微生物株・培養方法・MTAなどに関する貴重な意見・希望・質問
をいただきましたので、良く検討して事業の参考とさせていただきます。今後と
もよろしくお願い申し上げます。

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┃  新規公開微生物株(2014年10月公開)
┗━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
細菌
Actinomadura geliboluensis             JCM 19952  Type strain
Actinoplanes abujensis                 JCM 19953  Type strain
Aggregatibacter actinomycetemcomitans  JCM 30399  
Alicyclobacillus cellulosilyticus      JCM 18487  Type strain
Bacillus pakistanensis                 JCM 18975  Type strain
Dietzia lutea                          JCM 19954  Type strain
Eilatimonas milleporae                 JCM 30196  Type strain
Fulvimonas yonginensis                 JCM 19945  Type strain
Geobacter anodireducens                JCM 30203  Type strain
Idiomarina planktonica                 JCM 19263  Type strain
Mycetocola manganoxydans               JCM 19955  Type strain
Mycobacterium koreense                 JCM 19956  Type strain
Mycobacterium yongonense               JCM 19957  Type strain
Nocardia goodfellowii                  JCM 19958  Type strain
Nocardia thraciensis                   JCM 19959  Type strain
Oligoflexus tunisiensis                JCM 16864  Type strain
Propionispira arcuata                  JCM 16475  Type strain
"Roseomonas alkaliterrae"              JCM 19656  Proposed type strain
Sinomonas albida                       JCM 30149  Type strain
Sinomonas soli                         JCM 19961  Type strain
Sinosporangium album                   JCM 19962  Type strain
Sphingobium yanoikuyae                 JCM 30198  
Streptomyces daliensis                 JCM 19963  Type strain
Streptomyces nanhaiensis               JCM 19964  Type strain
Symbiobacterium ostreiconchae          JCM 15048  Type strain
Symbiobacterium terraclitae            JCM 15997  Type strain
Symbiobacterium turbinis               JCM 15996  Type strain
Terrabacter koreensis                  JCM 19342  Type strain
Williamsia limnetica                   JCM 19965  Type strain
Yaniella soli                          JCM 19966  Type strain
Zhizhongheella caldifontis             JCM 19651  Type strain

アーキア
Methanosarcina spelaei                 JCM 18469  Type strain

真菌
Scolecobasidium humicola               JCM 18341
Scolecobasidium humicola               JCM 18342
Scolecobasidium humicola               JCM 18343
Scolecobasidium humicola               JCM 18344
Scolecobasidium humicola               JCM 18345
Scolecobasidium humicola               JCM 18348
Scolecobasidium humicola               JCM 18349
Scolecobasidium humicola               JCM 18350
Scolecobasidium humicola               JCM 18351
Scolecobasidium sp.                    JCM 18352


詳細は以下のサイトから検索できますのでご利用ください。
http://jcm.brc.riken.jp/ja/catalogue

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※ メールでの情報提供受信を中止されたい場合は、微生物材料開発室
(inquiry@jcm.riken.jp)まで「メールニュース不要」の旨をご連絡下さい。
※ 当メールへのご質問などは、微生物材料開発室(inquiry@jcm.riken.jp)
までお送り下さい。
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そちらをご覧下さい。
http://jcm.brc.riken.jp/ja/mailnews
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発行
独立行政法人 理化学研究所 バイオリソースセンター
微生物材料開発室 (JCM)
inquiry@jcm.riken.jp
http://jcm.brc.riken.jp/ja/
2014年11月20日
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